94線於1978年4月3日開辦，來往黃石碼頭至西貢，途經北潭涌及大網仔。1994年5月16日於平日增設空調巴士服務，2003年5月17日提升為全空調服務。
94線為黃石碼頭、北潭涌及大網仔唯一每天全日服務的巴士路線，方便沿線居民往返西貢市中心，但因服務範圍為人口密度較低的地區，交通需求欠奉，因此平日客量並不高。不過，在假日會有大量市民及遊客前往西貢郊野公園郊遊，故此於該日子客量會大幅增加。
值得一題，因94及99線之行車時間相約，故此兩線採用車輛互調運作，亦即是當行走94線之巴士返回西貢後，會改行99線，然後完成一轉來回程服務後返回西貢，再改回行駛94線，如此類推，而這種營運模式一直運作至99線於2004年延長至烏溪沙站為止。
99線於1978年4月3日開辦，當時來往泥涌至西貢，途經十四鄉、水浪窩及大網仔，2003年5月17日提升為全空調服務。
99線為首條服務泥涌及十四鄉一帶的巴士路線，由於該地區人口較少，乘車需求欠奉，因此客量一直偏低，其後走線相約的299線(已停辦)開辦，令客量進一步下跌，直至2004年12月18日配合馬鞍山鐵路(港鐵屯馬線)通車，總站由泥涌延長至烏溪沙站，方便西沙路沿線居民接駁鐵路，故此客量有所上升。
由於299線沿途途經多個地區，使行車時間頗長，加上馬鞍山繞道通車後，一直未有巴士路線行走，因此於299線於2014年1月11日改經馬鞍山繞道，不經馬鞍山市中心，並更改編號為299X，而原有馬鞍山市中心往返西貢之服務，則由99線於同日延長至恆安取代。自99線更改服務務範圍後，因吸納299線原有馬鞍山之客源，因此客量大幅增加，而假日亦有大量馬鞍山居民前往西頁郊遊及觀光，所以於該日子客量會較多。
值得一題，因99及94線之行車時間相約，故此兩線採用車輛互調運作，亦即是當行走99線之巴士返回西貢後，會改行94線，然後完成一轉來回程服務後返回西貢，再改回行駛99線，如此類推，而這種營運模式一直運作至99線於2004年延長至烏溪沙站為止。
早於1995年，九巴開辦第一代的289R線，每逢假日來往沙田市中心至北潭涌，經富豪花園、濱景花園、亞公角、恆耀、馬鞍山市中心、烏溪沙、泥涌、十四鄉及大網仔，但因班次疏落，加上服務範圍沒有深入黃石碼頭等郊遊熱點，引致客量欠佳，最終於2000年停辦。之後，沙田及馬鞍山居民往返北潭涌一帶，必需轉車才能到達。
隨著前往西貢郊野公園郊遊的市民及遊客不斷增加，因此九巴於2019年3月24日開辦第二代的289R線，由黃石碼頭開往沙田市中心，服務範圍與第一代路線相約，惟不停馬鞍山及亞公角，當時只於假日下午提供服務。2020年2月29日增設星期六服務，2021年2月12日增設早上開往黃石碼頭之去程服務。
289R線貫穿多個西貢郊遊公園郊遊熱點，方便沙田居民以「一程車」直達，而無需轉車，因此深受沙田區居民歡迎，猶其是於新冠肺炎疫情期間，大量市民前往西頁郊野公園郊遊，客量因而大幅急升。
299X線於2014年1月11日開辦，來往沙田市中心至西貢，途經富豪花園、濱景花園、亞公角、馬鞍山繞道、泥涌、十四鄉、水浪窩及大網仔，以取代同日停辦的299線。
299X線之服務範圍與其前身299線相約，惟不停馬鞍山市中心，因此行車時間非常快捷，客量亦因此相當不俗，而假日有大量市民前往西貢郊遊及觀光，故此於該日子客量會大幅增加。
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