796C線於2001年9月10日起投入服務，當時來往寶盈花園至蘇屋，途經彩明苑、將軍澳隧道、九龍城、旺角及深水埗，是1999年運輪署招標的將軍澳南七條巴士路線之一，初時計劃以荔枝角為總站，但因居民投拆車費過高，最後修訂蘇屋為總站。2002年1月20日起往寶盈花園方向增停唐明街「尚德廣場」分站，同年8月11日起將軍澳總站遷往將軍澳站，以配合將軍澳站總站啟用，並來回程繞經調景嶺站總站。
796C線取道觀塘繞道直達西九龍，較取道觀塘道同樣往返西九龍的九巴296C線快捷，理應可搶走該路線的客量，惟因往九龍方向不經尚德廣場，而往將軍澳方向，需繞經調景嶺一帶，才駛經尚德一帶，令到行車時間頗長，而且班次疏落，因此未能吸引尚德居民選乘，故此客量只屬一般。
2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，雖然乘搭鐵路往返西九龍需要多重轉車，但因行車時間快捷，而且班次頻密，使將軍澳區居民紛紛改乘，導致796C線的客量不斷下跌，即使其後簡化將軍澳區內走線，然而無論行車時間，以及班次始終都不及鐵路般快捷及頻密，因此客量並未有顯著上升。2008年1月14日起九龍總站延長至南昌站，2012年9月29日起因應南昌站公共運輸交匯處永久封閉，九龍總站遷往深水埗(東京街)。
不過，自從往來海麗邨至青山道及永隆街的九龍專綫小巴44S線於2011年11月13日起投入服務後，令796C線往來西九龍新區至長沙灣一帶的客量不斷流失，故此新巴於《2012-2013年西貢區巴士路線發展計劃》中，建議796C線九龍區總站縮短至蘇屋，並新增與701及702線的八達通轉乘優惠取代原有往返西九龍新區的服務，其後翌年的路線發展計劃，此項建議再度被提出，同時建議將軍澳區總站延長至清水灣半島，以改善該帶的對外巴士服務，建議獲西貢區議會通過，於2014年2月9日起實施，在同年《2014-2015年西貢區巴士路線發展計劃》中，因應九龍城迴旋處交通擠塞嚴重，以及因大埔道及元州街沿線巴士站(往蘇屋方向)的使用率偏低，故此新巴建議769C線往清水灣半島方向改為取道亞皆老街天橋直入太子道東，不經九龍城迴旋處，而往蘇屋方向改經長沙灣道及東京街，不經白楊街、大埔道及元州街，建議獲西貢區議會通過，於同年11月9日起實施。
鑑於將軍澳南的發展，在《2016-2017年度巴士路線計劃》內，運輸署與新巴建議796C線來回程繞經怡明邨、寶盈花園及天晉II(星期一至五早上往將軍澳方向走線維持不變，但仍途經將軍澳廣場一段寶邑路)，並再次建議往市區方向不經彩明街，最終於2017年9月25日起實施繞經怡明邨、寶盈花園及天晉II的改動，但不經彩明街的建議，再次因西貢區議會反對而擱置。2020年10月2日起往將軍澳方向加停將軍澳隧道轉車站，2021年5月1日起往九龍方向加停將軍澳隧道轉車站。
自同樣往來將軍澳南至九龍西的795X及796E(已停辦)線相繼投入服務後，由於三線的服務範圍相近，導致客量互相分薄，因此為整合及提升環保大道及將軍澳南至九龍西的巴士服務，新巴及運輸署於《2022至2023年度巴士路線計劃》中，建議將796C及796E線合併成一條全新路線793，兩邊總站與796E線相同，惟由蘇屋開出後，取道原有796C線相同走線至太子道東，並繞經九龍灣商貿區，同時星期一至五早上及傍晚各有一班班次繞經百勝角路，建議獲沿線多個區議會商討後獲得落實，於2022年8月21日起實施，796C線於當日起與796E線合併成全日新線793。
值得一提，796C線於2008年6月22日起，一度為新巴眾常規非過海路線中，行車里數最長的一條，直至798線於2010年10月10日起投入服務後，以全程行車里數27公里打破這個紀錄。另外，796C線投入服務初期，全程收貴較主要競爭對手九巴296C線昂貴，但九巴於2013年及2014年兩次加價後，296C線的收費比796C線全程收費還要貴，一度出現新巴特快路線比九巴普通路線收費更便宜的局面，直至2019年1月20日起新巴調整票價，796C線全程收費加至$8.30，與九巴296C線全程收費打成平手，到了2021年4月4日四巴加價，796C及296C線全程收費分別調整至$9.00及$8.80，令前者全程收費比後者為貴。
