796C線於2001年9月10日起投入服務，當時來往寶盈花園至蘇屋，途經彩明苑、將軍澳隧道、九龍城、旺角及深水埗，是1999年運輪署招標的將軍澳南七條巴士路線之一，初時計劃以荔枝角為總站，但因居民投拆車費過高，最後修訂蘇屋為總站。2002年1月20日起往寶盈花園方向增停唐明街「尚德廣場」分站，同年8月11日起將軍澳總站遷往將軍澳站，以配合將軍澳站總站啟用，並來回程繞經調景嶺站總站。
796C線取道觀塘繞道直達西九龍，較取道觀塘道同樣往返西九龍的九巴296C線快捷，理應可搶走該路線的客量，惟因往九龍方向不經尚德廣場，而往將軍澳方向，需繞經調景嶺一帶，才駛經尚德一帶，令到行車時間頗長，而且班次疏落，因此未能吸引尚德居民選乘，故此客量只屬一般。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，雖然乘搭鐵路往返九龍西需多重轉車，但因行車時間快捷，而且班次頻密，使將軍澳區居民紛紛改乘，導致796C線的客量明顯流失，即使其後簡化將軍澳區內走線，但客量並未有顯著上升。及後新巴於於2007年的西貢及深水埗區巴士路線發展計劃》中，建議796C線的九龍總站延長至南昌站，取道西九龍新區往來，但因為要削減其他新巴將軍澳路線班次以騰出車隊，被西貢區議會強烈反對，經過一輪角力，於2008年1月14日起正式遷往南昌站，並提供南昌站至太子道東的八達通雙向分段收費，方便西九龍新區居民往來九龍城、新蒲崗及將軍澳南，同時令將軍澳南有另一條往來長沙灣工業區的巴士路線選擇，也成為唯一一條設有八達通雙向分段收費的日間新界往來九龍市區巴士路線。2012年9月29日起因應南昌站公共運輸交匯處永久封閉，九龍總站遷往深水埗(東京街)。
不過，自從往來海麗邨至青山道及永隆街的專綫小巴44S線於2011年11月13日起投入服務後，令796C線往來西九龍新區至長沙灣一帶的客量不斷流失，故此新巴於2012年的西貢區巴士路線發展計劃中，建議796C線九龍區總站縮短至蘇屋，並新增與701及702線的八達通轉乘優惠取代原有往返西九龍新區的服務，其後翌年的路線發展計劃，此項建議再度被提出，同時建議將軍澳區總站延長至清水灣半島，以改善該帶的對外巴士服務，建議獲西貢區議會通過，於2014年2月9日起實施，在同年的西貢區巴士路線發展計劃中，因應九龍城迴旋處交通擠塞嚴重，以及因大埔道及元州街沿線巴士站(往蘇屋方向)的使用率偏低，因此新巴建議769C線往清水灣半島方向改經九龍城天橋直入太子道東，不經九龍城迴旋處，往蘇屋方向則改經長沙灣道及東京街，不經白楊街、大埔道及元州街，建議獲西貢區議會通過，於同年11月9日起實施。
鑑於將軍澳南的發展，在2016年的巴士路線計劃內，運輸署與新巴建議796C線來回程繞經怡明邨、寶盈花園及天晉II(星期一至五早上往將軍澳方向走線維持不變，但仍途經將軍澳廣場一段寶邑路)，並再次建議往市區方向不經彩明街，最終於2017年9月25日起實施繞經怡明邨、寶盈花園及天晉II的改動，但不經彩明街的建議，再次因西貢區議會反對而擱置。2020年10月2日起往將軍澳方向加停將軍澳隧道轉車站，2021年5月1日起往九龍方向加停將軍澳隧道轉車站。
自同樣往來將軍澳南至九龍西的795X及796E(已停辦)線相繼投入服務後，由於三線的服務範圍相近，導致客量互相分薄，為整合及提升環保大道及將軍澳南至九龍西的巴士服務，新巴及運輸署於2022年的巴士路線計劃中，建議將796C及796E線合併成全新路線793，兩邊總站與796E線相同，惟由蘇屋開出後，取道原有796C線相同走線至太子道東，並繞經九龍灣商貿區，同時星期一至五早上及傍晚各有一班班次繞經百勝角路，建議獲沿線多個區議會商討後獲得落實，於同年8月21日起實施，796C線於當日起與796E線合併成新線793。
值得一提，796C線自2008年6月22日起，一度為新巴行車里數最長的非過海路線，這個紀錄直至798線於2010年10月10日起投入服務後，以全程行車里數27公里打破。另外，796C線投入服務初期，全程收貴較主要競爭對手九巴296C線昂貴，但九巴於2013年及2014年兩次加價後，296C線的收費比796C線全程收費還要貴，一度出現新巴特快路線比九巴普通路線收費更便宜的局面，直至2019年1月20日起新巴調整票價，796C線全程收費加至$8.30，與九巴296C線全程收費打成平手，到了2021年4月4日四巴加價，796C及296C線全程收費分別調整至$9.00及$8.80，令前者全程收費比後者為貴。
