41線於1987年4月14日開辦，當時來往青衣邨至九龍城碼頭，途經長康、長青、美孚、長沙灣、深水埗、旺角、何文田、紅磡及土瓜灣。1989年2月11日因應青衣大橋進行維修工程，青衣總站遷往長青，並來回程改經青荃橋，以及繞經美景花園。1991年8月11日來回程繞經長安總站，2004年6月20日增設空調巴士服務，2009年3月7日提升為全空調服務。
41線是青衣區唯一往返紅磡及土瓜灣的路線，但由於受到當時《公共交通協調政策》影響，因此取道何文田前往紅磡及土瓜灣，以致走線迂迴，而且美孚至旺角一段與多條青衣路線重叠，故此客量只屬一般。
鑑於41線走線迂迴，以及客量欠佳，因此運輸署早在1998年建議41線於地鐵東涌綫通車後，與41A及44線合併成新特快綫241X，但受到青衣居民及區議會反對而擱置，其後於2005至2006年路線發展計劃中，當局再次建議41線來回程改經西九龍走廊，並更改編號為41X，不經長沙灣及深水埗，並調高全程收費，惟因西九龍公路噪音問題，以及往九龍方向在西九龍走廊落橋位經常出現擠塞，因此計劃再次被擱置。
經過一段長時間，運輸署與九巴於《2019-2020年度巴士路線計劃》中，建議41線併入於2017年開辦的241X線，但因遭受到何文田居民及當區區議會以服務遭受削減為由而強烈反對，翌年的《2020-2021年度巴士路線計劃》中，則修改部份建議，然而再次受到九龍城區議會反對，建議最終撤回。兩年後的《2022-2023年度巴士路線計劃》中，再次提出2020-2021年度之建議，惟去程改經西九龍公路、連翔道、深旺道及櫻桃街，是次方案終獲沿線區議會通過，並於2023年4月16日起實施，原有服務改由241X線於同日起提升至每天全日服務取代。
