72線於1973年7月16日開辦，當時來往大埔墟(寶鄉街)至大角咀碼頭，途經大埔滘、馬料水、大埔道及深水埗。1973年年底每逢假日往大角咀碼頭方向改經沙田繞道，1974年10月13日每日所有往大角咀碼頭方向班次均改經沙田繞道，1977年8月23日往大埔墟方向改經沙田繞道。1980年6月3日配合沙田繞道封閉，來回程改經沙田鄉事會路及源禾路。1983年9月4日因應72B線(已停辦)於同日起遷往大角咀碼頭，九龍總站遷往深水埗碼頭。
72線為大埔區早期的主要對外路線，由於當時往返九龍市區的路線並不多，故此重要性甚高，客量亦相當高企。然而隨著吐露港公路於1984年通車，途經該公路的特快線相繼開辦，使72線需求大減，客量也不斷下跌，直至1988年12月5日來回程改經沙田市中心，雖然該地區亦有86線提供相約服務，惟該線取道經常擠塞的獅子山隧道，不及72線駛經大埔道般直接，即使收費較為昂貴，仍能吸引源禾路及沙田市中心居民選乘，客量因而稍有上升。
1991年8月10日配合72B線於同日起停辦，72線改為來往太和至大角咀碼頭，並繞經旺角一帶。1995年5月8日大角咀總站遷往大角咀臨時總站，1998年7月19日大角咀總站遷往奧運站，2000年7月9日大角咀總站遷往旺角(柏景灣)，然而因大角咀及旺角已有72X線提供特快往返大埔的服務，而且自71X線停辦後，大埔區一直欠缺直達長沙灣的路線，因此72線於2002年7月6日九龍總站遷往長沙灣，並新增與31B線的轉乘優惠彌補大埔往返大角咀的服務，同年11月16日增設空調巴士服務，2011年9月26日提升為全空調服務。
72線自九龍總站延長至長沙灣後，方便於長沙灣工業區上班的大埔居民，而且部份沙田區居民為避開獅子山隧道之擠塞，也會特意選乘，同時70線停辦後，72線成為大埔滘及馬料水唯一往來九龍西的路線，令到重要性再次提升，而每逢假日亦有大量前往金山郊野公園郊遊的市民乘搭，因此無論任何時候都客似雲來。
73A線前身為第一代69線，於1983年5月23日開辦，當時來往彩園至圓洲角，途經上水、聯和墟、粉嶺、大窩西支路、大埔墟、大埔滘、馬料水、火炭、源禾路及富豪花園。1987年6月12日來回程繞經粉嶺南田心臨時房屋區(現牽晴間)，同年8月9日更改編號為73A(第三代)。1990年9月23日來回程繞經華明總站，以及改經翠榕橋，不經沙燕橋及源禾路，同年12月7日來回程繞經火炭(山尾街)總站。2001年11月11日沙田總站遷往愉翠苑，2004年12月28日增設空調巴士服務，2011年9月19日提升為全空調服務。
73A線之服務範圍貫穿北區、大埔及沙田三區，因此行車時間頗長，而且走線迂迴，加上班次稀疏，導致客量長期偏低，但因途經火炭工業區，故此於繁忙時間會有部份於該處上班的市民選乘。
鑑於73A線客量一直欠佳，因此運輸署與九巴於《2013-2014年北區巴士路線發展計劃》中，建議73A線的北區總站縮短至華明，並增加70K及273A線的八達通轉乘優惠，以彌補往返北區區內之服務，同時增加接駁大埔、北區往來市區路線的轉乘優惠，以替代客量甚低的70X線(已停辦)，其後整個建議獲得北區區議會通過，於2013年8月24日起實施。
自縮短行車路線後，73A線䡛型為大窩西支路往返華明大埔轉乘其他對外路線，客量亦因而稍有增加，但因往華明方向不經一鳴路，對於該處的居民造成不便，經過九巴及北區區議會相討後，於2013年11月2日往華明方向繞經一鳴路及百和路(牽晴間及景景盛苑，隨後於2014年10月4日往華明方向改經華明路(欣盛苑及雍盛苑)，將服務範圍擴展至整個粉嶺南。
74A線於1982年10月18日開辦，當時來往大元至觀塘碼頭，途經大埔墟、大埔滘、馬料水、富豪花園、博康、乙明、獅子山隧道、黃大仙、彩虹及九龍灣，同年11月24日來回程改經介乎沙角邨至乙明邨一段的大涌橋路，不經沙角街。1985年2月14日大埔總站遷往大埔中心，1990年2月10日延長大埔總站至太和。
74A線開辦初期，為大埔區往返九龍東的主要路線，當時重要性甚高，客量亦相當高企，但當1985年吐露港公路通車，途經該公路往來觀塘的特快線74X開辦，令大埔居民紛紛改乘，以致74A線客量不斷流失，其後因應運頭塘邨落成入伙，74A線於1992年1月27日來回程繞經南運路及運頭塘總站，惟因該區鄰近大埔墟站，大多數居民都是選乘鐵路往返市區，故此客量並未有顯著上升。2007年10月7日增設空調巴士服務，2011年9月26日提升為全空調服務。
鑑於74A線客量一直偏低，而且往返觀塘市中心的重要性不斷下降，因此九巴於《2011-2012年度大埔區巴士路線發展計劃》中，建議74A線縮短九龍總站至啟業，並繞經九龍塘商貿區，最終建議獲得大埔區議會通過，於2012年2月18日起實施，而原有往來九龍灣站至觀塘碼頭沿線服務由74X線的轉乘優惠取代，亦成為取道獅子山隧道往返新界東及至市區路線之中，首條不以觀塘市中心為總站的路線。
不過，74A線縮短服務範圍後，因班次疏落，而且受到同樣來往大埔區及九龍灣商貿區的74B線競爭，以致客量進一步下降，故此運輸署及九巴於《2014-2015年度大埔區巴士路線發展計劃》中，建議停辦路線，改由72線轉乘89線八達通轉乘優惠替代，但因遭受到大埔及沙田區議會強烈反對而擱置，其後修訂建議，74A線獲得保留，惟大幅縮減班次及服務時間，最終建議獲得通過，並於2014年10月25日起實施，然而客量依然無改善，因此於2017年7月17日起再次縮減班次，以及提早開出兩邊方向尾班車開出時間。2024年1月6日因應新蒲崗(四美街)總站永久關閉，原有分站改停新落成的鑽石山(彩虹道)公共運輸交匯處。
值得一提，74A線為首條往來大埔及九龍東，以及駛入運頭塘總站的巴士路線，亦同時新界東來往九龍東，但完全不服務觀塘市中心，與及全日服務九龍灣商貿區的路線。另外，自70線於2008年停辦後，74A線曾一度成為擁有最多分站的獅子山隧道路線，也是現時唯一服務大埔公路(大埔滘段)的獅子山隧道路線。
81C線於1989年1月16日開辦，為運輸署自1988年放寬公共交通協調政策後，首條往返新界及尖沙咀的專營路線，當時來往耀安至尖沙咀(東)，途經富安花園、濱景花園、富豪花園、沙角、乙明、獅子山隧道、九龍塘、何文田及油麻地，同年6月5日來回程改經車公廟路及紅梅谷路往返獅子山隧道。1991年5月31日來回程改經亞公角街、同年8月5日增設空調巴士服務。1992年1月1日九龍總站延長至紅磡站，以配合尖沙咀(東)總站停用興建康宏廣場。
81C線為馬鞍山區早期的主要對外路線之一，由於當時區外交通不足，故此沿途駛經多個地區應付需求，因此客量相當不俗，繁忙時間每班車都滿載乘客，然而1993年第二條來往馬鞍山及油尖旺區的87D線開辦，由於該線取道沙田路直達獅子山隧道，而且服務範圍更深入馬鞍山市中心，以及旺角一帶，因此深受馬鞍山區居民歡迎，令到81C線客量開始流失，只剩下大涌橋路沿線及大圍往返尖沙咀之客源。
隨著頌安及錦泰苑的發展，81C線於1997年1月25日起來回程改經頌安邨一段的西沙路，2001年1月14日來回程繞經寧泰路。2003年11月1日往紅磡站方向繞經保泰街，以配合海典灣入伙。2004年九鐵馬鞍山線(港鐵屯馬綫烏溪沙站至大圍站)通車，使馬鞍山居民可直接乘搭鐵路往返城河東及大圍沿線，令到81C線流失往來沙田區內之客源，2011年8月24日提升為全空調服務。
鑑於81C線走線迂迴，以及行車時間迂迴，而且受到港鐵馬鞍山綫競爭，以致客量不斷下跌，故此運輸署與九巴於《2012-2013年度沙田區巴士路線發展計劃》中，建議81C線平日開往九龍的頭班車延遲至早上繁忙時間後開出，而原有繁忙時間的服務分拆為兩條新線281B(碩門開往尖沙咀(麼地道))及281X(耀安開往尖沙咀(麼地道))替代，該建議其後獲得通過，並於2012年11月26日起實施，由當日起81C線延遲平日由耀安開出之頭班車至10:15，並縮短九龍總站至尖沙咀(麼地道)，同時來回程繞經欣安邨，而平日早上繁忙時間開往尖沙咀之服務由同日開辦的新線281B及281X取代。
2021年港鐵屯馬綫全線通車，而該鐵路線之走線與81C線大幅度重叠，令到客量進一步下跌，班次亦被不斷削減，惟因勝在收費便宜，而且部份屋苑不近港鐵站，故此繁忙時間仍有一定的乘客支持，但其他時間客量甚低。
85線於1980年11月1日開辦，當時來往大圍至九龍城碼頭，途經乙明、博康、獅子山隧道、九龍塘、樂富及九龍城。1983年8月7日來回程改經車公廟路及紅梅谷路，而原有沙角街之服務由同日開辦的新線85A取代，同時於九龍區繞經土瓜灣街市一帶。1987年4月21日沙田總站延長至火炭(山尾街)，並途經源禾路及沙田市中心。1996年11月1日增設空調巴士服務，2006年5月25日提升為全空調服務。
85線之走線深入沙田市中心及火炭工業區，而且途經不少沙田區及九龍城區學校，因此客量相當不俗，繁忙時間兩邊方向都滿載乘客，其後位於火炭桂地街的駿洋邨於2020年起開始陸續入伙，部份居民也步行至山尾街乘搭85線，故此客量因而進一步上升，然而當2021年港鐵屯馬綫全線通車，令到沙田居民改乘該鐵路線前往土瓜灣及紅磡一帶，引致85線客量有所流失，惟因火炭工業區、源禾路，以及美林一帶遠離港鐵站，因此仍有一定乘客選乘。
隨者火炭工業區轉型，而且區內的公營屋苑駿洋邨、彩禾苑及旭禾苑，以及私人屋苑「星凱．堤岸」於2020年起陸續入伙，使人口大幅上升，為方便當區居民往返九龍市區，運輸署與九巴於《2022-2023年度巴士路線計劃》中，建議85線火炭總站延長至駿洋邨，同時建議80M線(已停辦)縮減至只於星期一至五上下午繁忙時間提供單向服務，以及88X線延長火炭總站至穗禾苑，但因部份沙田區議員認為88X線延長後需途經經常擠塞的黃竹洋街，而穗禾苑總站空間狹窄也限制班次，因此反建議85線延長火炭總站至穗禾苑，然而當局回應指出，若延長至85線，與80M線之走線重叠，最終經過長期角力，當局決定按原建議落實重組方案，並於2024年2月18日起實施。
86線於1979年12月10日開辦，當時來往禾輋至長沙灣，途經瀝源、沙田墟、大埔道及深水埗。1982年5月7日配合九廣鐵路(港鐵東鐵綫)電氣化首期通車後路線重組，改為來往小瀝源至美孚，並調高全程收費。1983年5月18日配合城河東發展，來回程繞經乙明邨外的一段的大涌橋路，以及沙田第一城及圓洲角。1985年2月10日來回程繞經圓洲角總站，同時不經乙明邨以外一段的大涌橋路，而原有乙明邨之服務由同日開辦的新線86A取代，同年8月4日來回程繞經沙田市中心。1988年5月23日因應86B線開辦，來回程改經獅子山隧道公路、獅子山隧道、歌和老街及南昌街，不經大埔道。1989年7月1日沙田總站延長至黃泥頭，並再次提高全程車費，1996年4月22日增設空調巴士服務。2002年8月18日來回程改經龍翔道，不經窩打老道及歌和老街，2011年9月25日提升為全空調服務。
86線的服務範圍深入沙田市中心心臟地帶，以及長沙灣工業區，然而因途經沙田區多個屋苑，以致走線非常迂迴，而且取道經常擠塞的獅子山隧道，令到行車時間容易受到影響，加上源禾路及沙田市中心一帶亦有駛經大埔道的72線提供往返深水埗及長沙灣的服務，使到客源有所分薄，因此除繁忙時間外，其餘時間客量只屬一般。
86C線於1988年4月11日開辦，當時來往恆安至長沙灣，途經濱景花園、富豪花園、沙角、乙明、秦石、新翠、獅子山隧道、九龍塘、石硤尾及深水埗。1991年5月31日來回程改經亞公角街，1992年9月13日長沙灣總站遷往長沙灣廣場地下室內總站。1994年11月21日馬鞍山總站延長至利安，並增設空調巴士服務，同時分拆平日晨早特別班次第一代86P線(已停辦)，在該線服務時間內，往長沙灣方向不入恆安總站，1998年11月9日長沙灣總站遷往長沙灣(甘泉街)。2002年9月9日全日所有班次不入恆安總站，但因受到恆安居民不斷抨擊下，於同年11月22日所有班次恢復繞經恆安總站(平日早上繁忙時間86P線服務時間內，往長沙灣方向除外)。2005年3月24日來回程所有班次均繞經恆安總站，2009年8月30日長沙灣總站遷回長沙灣廣場，2011年6月17日提升為全空調服務。
86C線自開辦以來，一直提供馬鞍山區往返深水埗及長沙灣的服務，亦同時方便居民往來城河東及大圍沿線，但當2004年九鐵馬鞍山綫(港鐵屯馬綫烏溪沙站至大圍站)通車，馬鞍山居民已可直接乘搭該鐵路綫往來城河東及大圍一帶，使到86C線往返沙田區內的需求大減，只剩下來往九龍西的客源，惟因服務範圍駛經沙田多個地區，而且長期須繞經恆安總站，導致走線迂迴，以及行車時間頗長，加上於沙田圍至長沙灣一段行車路線與86A線完全重疊，
故此只限繁忙時間才有較多乘客，其餘時間客量只屬一般。
鑑於86C線行車時間頗長，而且青沙公路多年來專營巴士使用率偏低，加上運輸署希望拓展途經青沙公路巴士網絡，因此於《2014-2015年度沙田區巴士路線發展計劃》中，建議86C線來回程改經火炭路、大埔公路(沙田段)及青沙公路，不再途經介乎富豪花園至乙明邨一段的大涌橋路、大圍、獅子山隧道及石硤尾，同時九龍總站遷往奧運站，以及取消輔助線86P及86X線，路線編號亦改為286C，但因沙田區議會以路線重組後，車費昂貴為由而反對，其後修訂建議，86C線獲得保留，並更改行車路線，不經恆安總站、車公廟路及紅梅谷路，只取消86P及86X線以騰出資源開辦286C線，只於平日早上及下午繁忙時間提供服務，該建議隨後獲得沙田區議會通過，於2014年12月6日起更改走線，改經全段獅子山隧道公路，與及所有班次皆不再途經恆安總站。
由於286C線走線取道青沙公路直達長沙灣商貿區，較86C線直接，而且亦可避開獅子山隧道之擠塞，因此投入服務不久，已深受馬鞍山區居民歡迎，所以九巴於《2016-2017年度巴士路線計劃》中，建議286C線提升至每天全日服務，同時延長九龍總站至白田，而86C線則建議改為星期一至五早上繁忙時間單向開往開往長沙灣，惟該建議會令富豪花園一帶失去全日往來九龍西的路線，而且深水埗區議會亦認為建議會延長往返沙田的行車時間，最終有關建議遭到反對而擱置。
相隔兩年後，運輸署與九巴於《2018-2019年度巴士路線計劃》中，再次建議286C線提升至每天全日服務，以及九龍總站遷往南昌站，同時建議86C線縮短九龍總站至蘇屋，但建議再遭受沙田區議會以影響沙田及馬鞍山居民前往長沙灣商貿區上班為由而強烈反對，經過一輪角力，86C線最終獲保留長沙灣總站，而只是調整班次，同時286C線提升至每天全日服務亦獲得落實，於2020年3月29日起實施，九龍總站遷往長沙灣(深旺道)，並與86C線共用車隊。
值得一提，86C線為唯一途經全段歌和老街的獅子山隧道路線，亦是自40X及89D線於2004年遷往烏溪沙站後，唯一以利安為總站的九巴非過海路線，直至268C線於2020年3月29日起改為全日服務後，才結束這個局面。
89線於1975年12月16日開辦，當時來往瀝源至觀塘(裕民坊)，途經沙田墟、獅子山隧道、黃大仙、鑽石山、彩虹及牛頭角，以配合瀝源邨落成。1980年6月3日配合沙田繞道永久封閉，來回程改經沙田鄉事會路及大埔公路(沙田段)。1982年7月24日觀塘總站遷往觀塘(月華街)，同年11月24日來回程改經沙角街及沙燕橋，不經大埔公路(沙田段)，以取代同日起改道的80線原有沙角街之服務。1983年8月7日來回程改經大埔公路(沙田段)，不再途經沙燕橋及沙角街，而原有該地區之服務由同日開辦的89A線(已停辦)取代。1985年8月4日來回程繞經沙田市中心，1992年8月3日增設空調巴士街服務，2006年5月25日提升為全空調服務。2009年8月9日因應觀塘(月華街)總站永久封閉重建，觀塘總站遷往觀塘站。2023年2月12日因應觀塘站總站工程，觀塘總站遷往觀塘(翠屏北邨)。
89線為沙田區首條往返九龍東的路線，雖然於觀塘區取道牛頭角道，惟因貫穿觀塘及沙田心臟地帶，因此開辦以來，客量一直相當高企，任何時候都高朋滿座，即使1991年大老山隧道通車，同樣來往沙田市中心至觀塘的89X線隨即開辦，但因該線中途須繞經圓洲角一帶，所以大部份乘客大致認為89線整體上較89X線般快捷。
不過，當來往觀塘山及沙田市的88及88X線相繼開辦，令到89線大量流失觀塘山及彩虹之客源，隨後2020年港鐵屯馬綫(大圍站至啟德站)通車，使客量再度流失，班次亦不斷削減，然而因直達觀塘及沙田心臟地帶，因此仍有一定乘客支持。
93K線於1988年5月27日開辦，來往寶林至旺角火車站(旺角東站)，途經翠林、康盛花園、馬遊塘、秀茂坪、觀塘、九龍灣、新蒲崗、馬頭圍、土瓜灣、紅磡及油麻地。1990年7月1日寶林總站遷往欣景路近將軍澳警署對面，同年9月3日來回程改經將軍澳道，不再途經曉光街及協和街。1992年10月6日增設空調巴士服務，1995年6月18日寶林總站遷往貿業路(港鐵寶林站現址)，1999年6月27日寶林總站遷往新都城中心二期地下室內總站。2012年5月9日提升為全空調服務，成為全港最後四條提升為全空調服務的專營路線之一(其餘三條為5A、16及98A線)。
93K線開辦初期，由於當時將軍澳區對外路線並不多，因此走線需途經多個九龍地區方便居民，但因如此，令到行車路線顯得迂迴，而且行車時間頗長，故此當多條特快路線相繼投入服務後，使93K線客量開始下跌，重要性亦逐漸下降。
2002年地鐵將軍澳綫通車，使將軍澳居民紛紛改乘鐵路往返市區，令到93K線客量進一步下跌，故此運輸署曾計劃與同樣服務土瓜灣及紅磡區的297線合併，成為新線293，惟因遭受兩線沿途區議會強烈反對而未能落實，然而由於93K線所駛經的翠林、康盛花園，以及秀茂坪一帶，都不是港鐵覆蓋範圍，而且沿途流水客眾多，因此仍有一定乘客支持。
95線前身為1989年1月10日開辦的95K線，當時來往翠林至旺角火車站(旺角東站)，途經康盛花園、馬遊塘、秀茂坪、順利、彩雲、彩虹、新蒲崗及九龍城，同年5月14日翠林總站遷入翠林商場地下的室內總站。1990年4月1日九龍總站延長至佐敦道碼頭，並更改編號為95。1991年中往翠林方向改經新蒲崗至彩虹邨一段的太子道東，不經彩虹道及彩虹邨通道，1997年12月1日增設空調巴士服務。
95線為將軍澳區早期的主要對外路線，由於當時往返九龍市區的路線並不多，所以行車路線須途經多個地區方便居民，然而走線因此顯得迂迴，而且行車時間亦頗長，故此當多條特快路線相繼投入服務後，令到95線客量開始下跌，即使於1998年3月1日起來回程繞經曉光街及秀明道，使服務範圍深入秀茂坪一帶，惟因該區已有數條往返旺角及佐敦的巴士線及紅色公共小巴線，故此客量並未有顯著上升。2003年2月23日九龍總站遷往佐敦(匯翔道)，2009年12月20日九龍總站遷往佐敦(渡華路)。2018年9月16日配合高鐵西九龍站啟用，九龍總站遷往西九龍站，2022年7月24日九龍總站遷往九龍站。
98A線於1990年7月26日開辦，當時來往坑口(北)及觀塘(裕民坊)，途經寶林、翠林、康盛花園及馬遊塘。1991年2月1日增設平日早上繁忙時間開往觀塘站之特別班次，同年6月1日平日早上繁忙時間以外及假日全日繞經常寧路、重華路及培成路，並於培成路近安寧花園設站，同時平日早上繁忙時間特別班次改經將軍澳隧道，以及提供回程服務。1993年3月8日平日早上繁忙時間特別班次改經寶順路，不經寶林一帶，同年4月7日增設空調巴士服務。1994年3月13日所有班次均繞經常寧路、重華路及培成路。1995年11月27日往來觀塘站之特別班次增設黃昏繁忙時間服務，1998年3月4日平日黃昏繁忙時間開往坑口(北)的特別班次改經寶林一帶。2001年3月25日改為循環來往坑口(北)至牛頭角站，並增設與38、70X(已停辦)、74X、89X及269C線的八達通轉乘優惠(平日特別班次除外)。
由於早期將軍澳區對外路線並不多，大量居民須往返觀塘市中心轉乘其他巴士路線及地鐵，同時亦方便居民往來觀塘工業區上班，即使寶林路沿線亦有93A、93K及95M線往返觀塘一帶，惟98A線取道將軍澳道往返，走線較為直接，而且收費便宜，以及班次頻密，故此深受將軍澳區居民歡迎，客量亦因而相當高企，任何時候都客似雲來。
2002年地鐵將軍澳綫通車，使將軍澳居民可直接乘搭鐵路往返市區，而且行車時間相當快捷，令到98A線重要性大減，客量亦不斷流失，猶其是特別班次，由於鐵路接駁用途大減，因此於同年9月16日取消平日早上繁忙時間開往坑口(北)之特別班次，其後同年10月28日取消平日黃昏繁忙時間開往坑口(北)的特別班次。2012年5月9日提升為全空調服務，成為最後四條提升為全空調服務的專營路線(其餘三條為5A、16及93K線)。
為配合日出康城一帶的地區發展，98A線於2019年10月8日起平日早上繁忙時間7:00及7:30由坑口(北)開出之特別班次改由康城站開出，並不入坑口(北)，同時更改編號為98B。2021年5月1日平日早上繁忙時間特別班次增停將軍澳隧道轉車站(往九龍方向)，同年7月12日平日早上繁忙特別班次改由同日起縮短將軍澳總站至坑口(北)的98B線取代。
不過，由於翠林、康盛花園、馬遊塘及秀茂坪一帶，都不是鐵路覆蓋範圍，而且因取道將軍澳道緣故，故此該地區居民會傾向選乘98A線往返觀塘市中心，同時亦有坑口居民因往來寶林路沿線的296M線走線迂迴，因而改乘98A線來往該地，所以仍有一定乘客的支持。
98C線於1993年10月7日開辦，來往坑口(北)至美孚，途經寶林、翠林、康盛花園、馬遊塘、秀茂坪、觀塘繞道、新蒲崗、九龍城、旺角、深水埗及長沙灣，只於平日早上(開往美孚)及黃昏(開往坑口)繁忙時間行走，1995年10月23日提升至繁忙時間雙向服務。1996年1月16日增設空調巴士服務，同年11月17日提升至每天全日服務。
98C線之行車路線取道觀塘繞道，較同樣往來將軍澳及旺角的93K及95線快捷，而且直達深水埗及長沙灣工業區，因此當時客量甚高，繁忙時間每班車經常滿載乘客，但好景不常，當2002年地鐵將軍澳綫通車，雖然乘搭鐵路往返九龍西需多重轉車，惟因行車時間快捷，令到將軍澳居民紛紛改乘，導致98C線客量不斷下跌，同年8月11日起於星期一至五繁忙時間增設途經將軍澳隧道之特別班次，試圖與鐵路作有限度競爭。2004年2月23日平日繁忙時間特別班次獲編號為98S線，並繞經清水灣半島，同年6月19日提升為全空調服務。
自港鐵將軍澳綫通車後，坑口及寶林居民除非是前往新蒲崗及九龍城一帶，否則大多數傾向乘搭鐵路來往九龍西，然而翠林、康盛花園，以及秀茂坪一帶遠離港鐵站，故此該地區居民仍會乘搭98C線往來旺角，以及深水埗及長沙灣一帶，故此仍一定乘客支持。
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