93A線於1987年9月7日起投入服務，來往寶林至觀塘碼頭，途經寶林路、秀茂坪及觀塘(協和街)，只於平日繁忙時間開往寶林(早上)及觀塘碼頭(下午)，以配合迦密主恩中學創校後，師生往返校園及市區交通接駁需求。1988年2月22日起提升至每日清晨至黃昏均提供服務，同年4月1日起配合寶林邨入伙，服務時間延長至午夜。1991年2月1日起增設平日早上繁忙時間途經將軍澳隧道往觀塘站之特別班次，1995年6月18日起寶林總站遷往貿業路(港鐵寶林站現址)，1999年6月27日起寶林總站遷往新都城中心二期地下室內總站。
93A線為將軍澳區早期主要的對外路線之一，方便居民前往觀塘站接駁地鐵(現港鐵) 以及觀塘工業區上班，由於當時往返九龍市區的並不多，因此需求甚高，客量亦相當不俗，更需增設途經將軍澳隧道的特別班次疏導乘客。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，使93A線客量有所流失，而途經將軍澳隧道的特別班次的客量更受到沉重打擊，該特別班次最終於同年9月16日起停辦，惟因翠林、康盛花園及秀茂坪不是鐵路覆蓋範圍，加上途經學校林立的曉光街及直達觀塘商貿區，故此於繁忙時間或學校上下課時段仍有大量市民及學生選乘。
值得一提，93A線自投入服務以來，一直以非空調巴士行走，直至2005年7月28日起增設空調巴士服務，成為將軍澳區最後一批提供空調巴士服務的路線之一(另一條為93M線)，亦象徵將軍澳區再沒有全普通巴士行走之路線。此外，93A與93K及98A線一度為將軍澳區僅剩三條仍有普通巴士行走的路線之一，直到2011年6月3日起提升為全空調服務。
93M線於1989年8月9日起投入服務，當時循環來往寶林至藍田站，途經翠林、康盛花園、馬遊塘、秀茂坪、興田(只限回程)及啟田道(只限回程)，只於平日繁忙時間提供服務，以配合藍田站啟用。1990年1月15日起提升至每天全日服務，1995年6月18日起寶林總站遷往貿業路(港鐵寶林站現址)，1999年6月27日起寶林總站遷往新都城二期地下現址。
93M線投入服務初期，為寶林及寶林路沿線主要地鐵接駁路線之一，由於班次較為稀疏，故此只於繁忙時間有較多乘客，其後取道將軍澳隧道往返藍田站的第一代298線(已停辦)及專綫小巴17線開辦，令到93M線客量開始下跌。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，使93M線失去接駁鐵路作用，因此運輸署曾建議停辦路線，然而遭受將軍澳居民及區議員反對而擱置，惟因受到鐵路的競爭下，客量進一步下跌，即使不是鐵路覆蓋範圍的翠林及康盛花園，該地區居民也紛紛改乘專綫小巴前往寶林站轉乘鐵路或乘搭改經馬遊塘的專綫小巴17線往來藍田站，導致93M線客量受到沉重打擊，故此於同年10月7日起縮減至只於平日上下午繁忙時間服務，其後於同年10月28日起再縮減至只於平日早上繁忙時間行走。2005年7月28日起增設空調巴士服務，成為將軍澳區最後一批提供空調巴士服務的路線之一(另一條為93A線)，亦象徵將軍澳區再沒有全普通巴士行走之路線，2007年7月30日起提升為全空調服務。
由於部份居住將軍澳南的學生需往寶林路沿線及藍田區學校上學，因此93M線於2011年8月27日起將軍澳總站改由彩明開出，經尚德及寶康路返回寶林北路前往藍田站，然後再折返寶林，並調高全程票價，但往來寶林至藍田站的收費則不變，而是次改動，使93M線成為香港現時兩條起點及終點不相同的循環線之一(另一條為愉景灣S7線)，亦是繼新巴82X線後，第二條來回程收費不同的循環線，同時令九巴繼第一代90及290線於1996年10月起停辦近15年後，再次有日間非過海路線服務調景嶺。隨著五天工作周普及，而93M線沿線以學校區為主，星期六的客量偏低，故九巴及運輸署於2013年的西貢區巴士路線發展計劃中，建議取消星期六的服務，其後建議得到西貢區議會通過，並於2013年12月7日起實施。
98D線前身為1991年8月5日起投入服務的第一代298P線，當時由坑口(北)開往尖沙咀，途經寶林、將軍澳隧道、啟德隧道及佐敦，只於平日早上繁忙時間提供服務。1992年8月3日起更改編號為98D，並提升至平日全日雙向服務，以及加入非空調巴士行走，同時九龍總站遷往佐敦道碼頭。1993年2月8日起增設假日服務，1995年11月5日起九龍總站遷往尖沙咀(東)，2002年8月11日起提升為全空調服務。
98D線為將軍澳區首條往返尖沙咀的路線，由於服務範圍深入九龍市區心臟地帶，而且行車路線取道將軍澳隧道及啟德隧道，走線非常直接，因此客量相當不俗，即使2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，惟乘搭鐵路需多重轉車，收費亦較為昂貴，故此客量並未受到影響，依然早晚客似雲來。
為配合「日出康城」的第1期「首都」及第2期「領都/領峰」陸續落成入伙，98D線由2011年8月15日起，增設星期一至五早上由日出康城(康城站公共運輸交匯處)經清水灣半島及坑口往尖沙咀東的特快班次，不經景林及寶林，為日出康城居民提供港鐵以外的另一選擇直達佐敦及尖沙咀區。由於客量甚高，為分流坑口及寶琳的乘客，因此由2015年3月27日起，98D線平日由日出康城之早晨特快班次，繞經重華路及培成路，而常規班次將不經該帶，其後日出康城特別班次亦因應該區人口增長，於同年9月7日起停靠環保大道(峻瀅、日出康城領都及首都)巴士站。2020年10月2日起往坑口方向增停將軍澳隧道轉車站，2021年5月1日起往尖沙咀方向增停將軍澳隧道轉車站。
值得一提，98D線的開線通告，是九巴最後一次在報章刊登的同類通告，而98D線用車目前達25部，為將軍澳區派車最多的單一路線。
290A 彩明 - 荃灣西站
荃灣及葵涌區為老牌工業區，往返兩地上班的人士眾多，因此將軍澳發展初期，已有聲音要求增闢來往將軍澳至荃葵的路線，惟運輸署與九巴一直未有計劃開辦，即使2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，雖然可直接乘搭鐵路前往荃葵區，但鐵路需多重轉車，而且行車時間頗長，對於將軍澳居民並不吸引，故此將軍澳區居民及區議員依然繼續向當局爭取往來荃葵區的路線。
經過多年爭取，運輸署終在2013年的巴士路線發展計劃中，建議新增來往將軍澳至荃葵區的巴士路線，途經寶林路、秀茂坪及四順，但當局要求客量欠佳的692(已停辦)及692P(已停辦)線先行停辦，方可騰出車隊開辦將荃線，最終九巴及新巴正式確定692線於2013年11月30日起停辦，運輸署亦隨即與西貢區及觀塘區區議會相討將荃線之行車路線。在多番討論下，運輸署最終計劃開辦兩條將荃線，一條繞經秀明道及四順一帶，另一條則以不停站駛經秀茂坪道及順利邨道駛往新清水灣道，建議獲得沿線區議會通過，並於2014年11月11日正式招標，最後兩線由九巴投得，路線編號為290及290A，於2015年3月28日起投入服務，當時兩線來往彩明至荃灣西站，於將軍澳區內，以及彩虹至荃灣之走線相同，惟前著離開寶達邨後不停站前往彩雲，後者繞經秀茂坪(秀明道)及四順區，同時兩線於首年推出$1.5全程車費優惠，折實全程車費$9.2。
290及290A線投入服務後，備受乘客歡迎，繁忙時間每班車都滿載乘客，猶其後者因繞經秀茂坪及四順區，吸納該地區往來荃葵之客源，同時於平日上課日上下課時段，亦會有大量學生乘搭往返將軍澳，以及秀茂坪及四順區沿線學校，故此客量相當龐大。及後因應將軍澳不斷發展，因而分拆多條支線應付需求，惟各線之行車路線都非常迂迴，而且服務範圍互有重叠，猶其當支線290X(康城站至荃灣西站，經安秀道)於2018年12月22日起提升至每天全日服務後，由將軍澳南往來荃葵區的行車時間較290線為短，令部份該區的乘客改乘290X線，故此為了有效地分流將軍澳區之客源，運輸署與九巴於2022年的巴士路線計劃中，建議290線將軍澳站縮短至坑口(北)，其後建議獲得將軍澳區議會通過，並於2024年6月17日起實施。
值得一提，290與290A線為僅有兩條以調景嶺及將軍澳南作總站，中途取道寶琳路往返的九巴日間全日巴士路線，並以全程收費$10.70，打破98C及98S線的紀錄，成為現時將軍澳區全程收費最高的非過海巴士路線，而290A線曾一度與城巴A29線為頭車時間最早的將軍澳及西貢區全日日間巴士路線，直至290線由2018年12月22日起，星期一至五由彩明開出頭車提早至0510而打破，其後290X線於2022年4月21日起提早康城站頭車時間至0510，令此項紀錄由290與290X線共享，直至290線於2024年6月17日起縮短總站至坑口(北)，該項紀錄改為由290X線獨有，但仍與龍運E32線並列荃葵青區日間路線中，頭車時間最早的兩條路線。此外，290線與第一代290線(調景嶺至彩虹)，除了調景嶺總站位置不同及將軍澳區定線不同外(第一代取道寶琳南路，而第二代則取道接近整個將軍澳區)，由寶琳路至彩虹一段路線幾乎完全相同，但於秀茂坪及四順不設車站，可謂一個特別的紀錄。
290與290A線自2015年3月28日起投入服務後，一直深受將軍澳居民歡迎，惟兩線未有覆蓋環保大道沿線屋苑及將軍澳工業邨，而將軍澳市中心居民乘搭兩線亦需繞經坑口一帶，以致走線顯得迂迴，因此運輸署與九巴於2016年的巴士路線計劃中，建議開辦兩條特別路線290B(已停辦)及290X線，其中290X線於星期一至五早上繁忙時間由康城站開往荃灣西站，行車路線駛至清水灣半島後，取道寶邑路、寶順路、唐明街及寶康路，然後沿290線走線前往荃灣西站，不經坑口及景林，以及不停寶琳路「寶達邨」分站，提供將軍澳前往荃葵區特快巴士服務，其後建議獲得西貢區議通過，並於2017年2月27日起投入服務，同年位於安達臣道發展區的安達邨及安泰邨相繼落成入伙，為方便該兩條屋邨居民往來荃葵區，運輸署與九巴於同年的巴士路線計劃中，建議290X線來回程改經安秀道，並增設下午繁忙時間回程服務，建議獲得西貢區議會通過，於同年6月19日起實施。
因應日出康城、將軍澳南及安達臣道發展區進一步發展，以及人口大幅增長，運輸署與九巴於2018年的巴士路線計劃中，建議290X線提升至每天全日服務，使日出康城、將軍澳南及安達臣道發展區居民有全日路線往返荃葵區，亦紓緩290及290A線龐大的客源，其後九巴因應居民及地區人士的意見，建議部份班次繞經消防及救護學院，最終修訂建議獲得落實，於2018年12月22日起實施，同時星期一至五6:30及7:00由荃灣西站開出之班次繞經百勝角路，並加停「消防及救議學院」分站，2020年10月31日起康城總站遷往新落成的康城站公共運輸交匯處。
自290X線提升至每天全日服務後，由將軍澳南往來荃葵區的行車時間較290及290A線為短，因此部份該地區居民改乘290X線，故此為了有效地分流將軍澳區的客源，運輸署與九巴於2022年的巴士路線計劃中，建議290線縮短將軍澳總站至坑口(北)，而該線原有將軍澳南的服務由290A及290X線替代，同時290X線延長服務時間，以及增加巴士行走，並於星期一至五早上繁忙時間增設兩班由調景嶺站開出的短程特別班次，該建議其後獲得沿線區議會通過，率先於2022年4月21日起提早由康城站開出之頭班車時間至5:10，而重組計劃則於2024年6月17日起實施。
值得一提，290X線之路線編號雖為「X」字尾，但該路線並非特快路線，只為290線之分支線，以方便乘客識別，而290X線於2022年4月21日起提早由康城站開出的頭班車至5:10，一度與290線並列將軍澳及西貢區全日日間路線中，頭班車最早開出的兩條路線，直至290線於2024年6月17日起縮短總站至坑口(北)後，該項紀錄由290X線獨有。
296A線於1998年3月6日起投入服務，當時循環來往尚德至觀塘(裕民坊)，途經將軍澳隧道，同年6月21日起尚德總站遷往尚德商場地下室內總站，同年12月5日起往觀塘方向改經唐明街及寶順路直駛將軍澳隧道公路，不經寶康路、運亨路及運隆路。1999年2月1日起改為循環來往尚德至牛頭角站，並來回程改經觀塘道隧道。2000年3月26日起新增與38、70P(已停辦)、70X(已停辦)、74X、89X及269C線的八達通轉乘優惠，其後更擴展至多條路線。
296A線為尚德邨首條巴士路線，在投入服務初期，由於為地區唯一對外路線，因此需求甚高，客量亦相當高企，任何時候每班車都滿載乘客，因而超出負荷，直至296C及296D線相繼投入服務後，飽和的情況才得以紓緩。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，令到296A線流失部份鐵路轉乘客，惟因尚德邨與將軍澳站有一段距離，而且收費較鐵路便宜，而班次亦相當頻密，加上於觀塘道與多條九巴路線設有八達通轉乘優惠，故此客量依然不俗。2020年10月2日起往尚德方向增停將軍澳隧道轉車站，2021年5月1日起往牛頭角站方向增停將軍澳隧道轉車站。
值得一提，296A線自延長尾車時間至0110後，一直為全港服務時間最長的專營巴士路線，直至251A線於2012年3月31日起投入服務後，其以尾車0125打破。
296C線於1999年3月26日起投入服務，當時來往尚德至深水埗(東京街)，途經將軍澳隧道、觀塘(只限回程)、九龍灣、新蒲崗、九龍城及旺角，以「半直通路線」形式運作，介乎創紀之城至觀塘遊樂場之間的一段觀塘道及鯉魚門道不設車站，以免與296A線服務範圍重叠。
296C線之服務範圍深入九龍市區心臟地帶，同時亦分流296A線的客源，故此客量一直不俗，即使新巴於2001年開辦取道觀塘繞道來往將軍澳南至深水埗的796C線(已停辦)，惟該線因需繞經調景嶺一帶，而且收費昂貴，因此受到影響甚微。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，使到296C線流失部份乘客，惟乘搭鐵路往來九龍西需多重轉車，而且收費昂貴，加上尚德與將軍澳站有一段距離，故此仍有一定乘客選乘。2003年1月23日起往深水埗方向增停「創紀之城一期」，而往尚德方向增設「觀塘市中心」站，以輔助296A線，同時提供往來觀塘市中心至西九龍填海區的服務，客量亦因而再度上升，及後因應40線於2013年8月24日起來回程改經龍翔道及呈祥道，故此296C線吸納該線原有觀塘往返深水埗之客源，使到客量進一步增加。
鑑於296C線駛經經常擠塞的九龍城迴旋處，以致行車時間有所延長，加上新巴796C線往將軍澳方向改經九龍城天橋的效果成功，因此九巴於2015年的巴士路線計劃中，建議296C線來回程改經九龍城天橋及亞皆老街天橋，並取消部份亞皆老街分站，以節省於九龍市區路段的行車時間，其後建議獲得西貢區議會通過，於2016年1月4日起實施，成為首條來回程取道亞皆老街天橋的專營巴士路線，大大縮減行車時間，故此吸引不少乘客選乘，同年10月6日起九龍總站遷往長沙灣(深旺道)。
隨著位於長沙灣填海區的海盈邨及凱樂苑於2018年起逐步入伙，因此運輸署與九巴於2017年的巴士路線計劃中，建議296C線之九龍總站延長至該處，惟前者延至同年11月26日起才陸續正式入伙，而該邨內主要出入的荔盈街的掉頭處需作局部擴闊，加上該總站設施問題，296C線最終於2019年3月24日起才正式遷入該處，成為第二條進駐海盈邨的專營巴士路線(首條為新巴701A線)，為該帶居民提供直接往返旺角、九龍城、東九龍及將軍澳南的巴士服務。2020年10月2日起往尚德方向增停將軍澳隧道轉車站，2021年5月1日起往長沙灣方向增停將軍澳隧道轉車站。
值得一提，2013年及2014年九巴兩次加價，使296C線收費由$7.50逐步加至$8.30，比新巴796C線(已停辦)當時收費($7.90)還要貴，一度出現新巴的特快路線比九巴的普通路線收費更便宜的局面，直至2019年1月20日起因應新巴調整旗下路線票價，796C線全程收費加至$8.30，與296C線全程收費打成平手，其後2021年4月4日起四巴加價，296C及796C線全程收費分別調整至$8.80及$9.00，令後者全程收費首次貴過296C線，此局面隨著後者於2022年8月21日起與796E線合併成793線才告一段落。
296D線於1998年10月23日起投入服務，當時來往尚德至佐敦道碼頭，途經將軍澳隧道、啟德隧道、佐敦及尖沙咀。1999年1月15日起往佐敦道碼頭方向改經唐明街及寶順路駛入將軍澳隧道。
296D線雖然直達九龍市區心臟地帶，惟因於將軍澳之服務範圍只限尚德邨一帶，因此除繁忙時間有較多乘客選乘外，其餘時間客量只屬一般。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，由於乘搭鐵路往返佐敦及尖沙咀需多重轉車，不及296D線以一程車直達般方便，故此受到影響甚微。2003年2月23日起九龍總站遷往佐敦(匯翔道)，2009年12月20日起九龍總站遷往九龍站。
不過，當城巴796P線於2018年9月30日起改經佐敦至尖沙咀一段的彌敦道後，憑較便宜之收費吸納部份尚德邨之客源，令到296D線客量有所下跌，其後因應將軍澳隧道轉車站全面啟用，269D線分別於2020年10月2日起及2021年5月1日起來回程增停將軍澳隧道轉車站，因此吸納了轉車乘客，以及鄰近該轉車站的屋苑居民。
296M線前身為296線，於1998年8月10日起投入服務，為將軍澳區首條區內路線，當時來往尚德至康盛花園，途經翠林、寶林及坑口，1999年3月21日起改為循環來往康盛花園至尚德。2002年8月11日起來回程繞經寶林站總站及坑口站總站，並更改編號為296M，以配合地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)即將通車，同年11月24日起取消循環線運作，改為來往康盛花園至坑口站，同時走線駛經寶林後，改經尚德一帶，然後才返回坑口。
296M線主要方便將軍澳居民穿梭區內，惟因行車路線由坑口開出，先繞經尚德，才駛往寶林前往康盛花園，以致走線迂迴，因此大多數居民選乘行車路線較為直接的98A、290及290A線或專綫小巴15線，以及港鐵往來將軍澳區內，加上班次疏落，因此除了平日上課日上下課時段有較多學生選乘外，其餘時間客量甚低。
297線前身為第一代的297P線，於1996年5月6日起投入服務，當時由坑口(北)開往紅磡碼頭，途經寶林、將軍澳隧道、九龍灣、啟德隧道及土瓜灣，只於平日早上繁忙時間提供服務。1997年7月14日起增設平日下午黃昏開往坑口(北)之回程服務，並途經九龍城及新蒲崗。1998年11月25日起提升至每天全日服務，並更改編號為297，2019年1月12日起紅磡總站遷往紅磡(紅鸞道)。
由於297線於九龍區服務範圍，並非心臟地帶，而且受到同樣往來寶林至土瓜灣的專綫小巴105線競爭，因此除繁忙時間有較多前往九龍灣商貿區、土瓜灣及紅磡工業區上班之將軍澳居民選乘外，其餘時間客量只屬一般。2002年地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，雖然297線所服務的九龍灣商貿區，以及土瓜灣及紅磡一帶並非鐵路覆蓋範圍，但運輸署卻計劃與93K線合併成293線，取道寶林路往返坑口及紅磡，另於繁忙時間增設途經將軍澳隧道的特別班次，但因遭受區議會強烈反對而擱置。
鑑於晚上由九龍灣商貿區返回將軍澳需求甚低，因此九巴於2013年的西貢區巴士路線發展計劃中，建議297線晚上往將軍澳方向改經觀塘道，不經九龍灣商貿區及觀塘繞道，惟因遭受西貢區議會強烈反對而擱置，其後因應將軍澳隧道轉車站啟用，故此297線分別於2020年10月2日起往坑口(北)方向，以及2021年5月1日起往紅磡方向增停該站，其後為方便坑口居民於將軍澳隧道轉車站轉乘其他路線往來各區，運輸署與九巴於2022年的巴士路線計劃內，建議297線改由寶林開出，途經坑口一帶後直接駛往將軍澳隧道，不經寶康路，隨後建議獲得沿線區議會通過，並於2022年9月18日起實施。
298E線於1999年3月29日起投入服務，循環來往坑口(北)至將軍澳工業邨，途經環保大道，只於早上至傍晚提供服務。2002年1月31日起因應清水灣半島入伙，往坑口(北)方向繞經該處，同年2月3日起增設假日上下午繁忙時間服務。2002年8月11日起坑口總站延長至坑口站，以配合地鐵將軍澳綫即將通車，2006年7月23日起往坑口站方向不再繞經清水灣半島。
298E線主要方便於將軍澳工業區上班的市民前往坑口轉乘其他往來市區的路線，其後地鐵將軍澳綫(現港鐵將軍澳綫)通車，更肩負起鐵路接駁服務，然而與此同時，新巴亦開辦來往調景嶺站至將軍澳工業邨的797M線(已停辦)，惟因該線服務時間有限，而且收費昂貴，加上於將軍澳南之走線甚為迂迴，故此對於298E線之影響甚微。隨著大型住宅發展「日出康城」，以及鄰近屋苑陸續入伙，使人口大幅上升，而且走線相近的專綫小巴線113投入服務，對於298E線客量構成一定程度影響，加上居民要求，因此九巴於2015年的西貢區巴士路線計劃中，建議298E線擴展假日至全日服務，最終建議獲得西貢區議會通過，並於2015年12月6日起實施。
為配合消防處於白石角的消防及救護學院於2016年3月啟用，故此298E線隨即於同年3月7日起於星期一至五繁忙時間增設四班循環往返坑口站至百勝角之短程特別班次。除著消防及救護學院旁的消防處百勝角已婚人員宿舍於2021年開始入伙，使該地區交通需求大幅增加，因此九巴於同年4月向西貢區議會呈交文件，建議298E線早上至中午往坑口站方向之班次繞經百勝角路，而中午以後班次，則往將軍澳工業邨方向繞經百勝角路，同時往返坑口站至百勝角的短程特別班次增加晚上時段(2000-2300)的服務，最終相關改動方案獲得落實，九巴為方便乘客識別，於同年5月5日起實施當天，將298E線中午1200後由坑口站開出的班次獲獨立編號為298F，至於星期一至五早晚繁忙時間往來坑口站至百勝角的短程特別班次，則獲獨立編號為298線(第二代)，但晚間往返坑口站至百勝角的短程特別班次則未有於同日起實施，直至同年11月22日起才正式落實，並以298線運作。及後為使於港鐵坑口站接駁的港鐵轉乘客可以更快往來百勝角、日出康城及將軍澳工業邨，以及與專綫小巴113線作有限度的競爭，因此於2025年2月3日起298E線和分支線298F線之坑口總站遷往坑口(北)，並來回程繞經港鐵坑口站。
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