九巴B1 天慈 - 落馬洲站
B1線於2007年8月15日開辦，當時來往元朗站至落馬洲站，途經元朗大馬路、元朗公路及新田公路，以配合落馬洲支線管制站及深圳福田口岸啟用。不過，B1線開辦初期，無論走線、收費及班次，都不及服務範圍相約的專綫小巴75線，以至客量一直偏低。
2008年6月22日因應277線停辦，B1線延長總站至天水圍站，同時調換元朗大馬路行車方向及巴士站位置。2014年11月22日為配合元朗區區域性巴士路線重組實施，天水圍總站遷往天慈，並調換天水圍行車方向。B1線自延長總站至天水圍後，除了擴大服務範圍外，亦理順了元朗大馬路之走線，因此客量不斷提升，無論任何時候，每班車都滿載乘客，猶其是假日或長假期的日子，乘車人流更大幅倍增，即時增加班次，也經常出現供不應求的情況，故此有地區聲音要求分拆路線，但運輸署以分拆路線後，會影響班次為由而拒絕。
B1線雖然服務範圍深入天水圍一帶，但未有覆蓋天水圍市中心及天水圍北，因此有該區居民及區議員要求九巴開辦往天水圍北至落馬洲站的路線，經過地區人士與運輸署角力，九巴於2018年8月向當局提出，建議B1線增設假日特別班次，於早上至傍晚來往天恩至落馬洲站，途經天水圍北及天水圍市中心駛往天慈總站，然後再依常規班次走線往來落馬洲站﹐該建議最終獲得落實，並於同年12月30日實施。
嶼巴B2 元朗站 - 深圳灣口岸
B2線於2007年7月1日開辦，來往元朗站至深圳灣口岸，途經元朗大馬路、天慈、天耀及洪水橋，以配合深圳灣口岸啟用。
由於深圳灣口岸遠離深圳福田、羅湖等人流較多的地區，因此B2線於平日的客量並不高，惟於星期六及假日為港人北上高峰期，客量因而大幅急增，大多數由元朗開出的巴士未到天水圍已全車滿座，因此為了疏導天水圍區乘車人流，B2線於2007年7月26日起逢星期六及假日不經天水圍，該帶服務由同日開辦的新線B2P線替代。2009年1月10日逢星期六及假日來回程加經洪水橋及藍地，已配合B2P線於同日起不再服務該處，同年7月13日因應B2P線於同日起提升為每天全日服務，所有班次均改經青山公路(元朗至藍地段)，不經天水圍。
值得一提，B2線為嶼巴首條服務大嶼山以外的專營路線，同時於開辦初期，往深圳灣方向，沿途只准上車，不准下車；而往元朗方向，沿途只准下車，不准上車，是自輕鐵專區於1993年6月1日放寬後，再有新界西北路線實施這個安排，直至2014年8月24日起，往元朗方向於藍地以後巴士站均可上落，並增設分段收費。
嶼巴B2P 天慈 - 深圳灣口岸
鑑於B2線於星期六及假日的客量相當高企，每班巴士離開元朗市後，都已滿載乘客，令到天水圍居民無法登車，與此同時，天瑞、洪水橋及藍地一帶一直未有直達深圳灣口岸的路線，因此在多名區議會、地區人士及沿線居民極力爭取下，運輸署批准嶼巴開辦B2P線，當時來往天水圍市中心至深圳灣口岸，途經天瑞、洪水橋及藍地，只於星期六及假日提供服務。2009年1月10日天水圍總站遷往天慈，並改為只往深圳灣口岸方向繞經天水圍市中心，並來回程直接取道元朗公路前往港深西部公路，不經洪水橋及藍地，該帶服務由同日起改經該處的B2線替代，同年7月13日提升為每天全日服務，全面取代B2線於天水圍區之服務。
由於深圳灣口岸遠離深圳福田及羅湖等人流較多的地區，所以平日客量只屬一般，但於星期六、星期日及公眾假期為港人北上高峰期，因此於該日子的客量會倍增。
值得一提，B2P線為嶼巴首條全日服務的P線，同時於開辦初期，往深圳灣方向，沿途只准上車，不准下車；而往天水圍方向，沿途只准下車，不准上車，是自輕鐵專區於1993年6月1日放寬後，再有新界西北路線實施這個安排，直至2014年10月11日起，往天水圍方向於天水圍區內均可上落，並增設分段收費。
嶼巴B2X 天耀 - 深圳灣口岸
早於2007年深圳灣口岸啟用時，嶼巴部份車隊的電子路線牌資料庫中已存有B2X線的資料，惟一直未被正式批准營辦，只曾於2007年7月8日提供一天服務，直至2003年才獲運輸批准開辦，並於同年12月21日正式投入服務，路線編號為B2X，來往天耀至深圳灣口岸，途經天水圍站，只於星期六、日及公眾假期提供服務。
B2X線提供天耀邨居民，以及天水圍站鐵路轉乘客於星期六或假日往來深圳灣口岸，由於行車路線與B2P線大致相同，因此亦同時疏該線於假日乘車的人流。2020年2月8日因應新冠肺炎疫情而暫停服務，直至現今仍未恢復服務。
值得一提，B2X線開辦初期，往深圳灣方向，沿途只准上車，不准下車；而往天水圍方向，沿途只准下車，不准上車，是自輕鐵專區於1993年6月1日放寬後，再有新界西北路線實施這個安排，直至2014年10月11日起，往天水圍方向於天水圍區內均可上落，並增設分段收費。
城巴B3 屯門碼頭 - 深圳灣口岸
B3線於2007年7月1日開辦，來往屯門碼頭至深圳灣口岸，途經新屯門中心、置樂花園、屯門市中心、山景、大興及兆康苑，以配合深圳灣口岸啟用。
由於B3線於屯門區服務範圍甚廣，以至行車時間頗長，與及走線迂迴，因此客量一直欠佳，在多名屯門區議會爭取下，運輸署批准城巴開辦B3A線，並於2008年8月16日投入服務，來往山景至深圳灣口岸，而B3線則於同日起駛經屯門市中心後，直接經杯渡路駛入屯門公路，不經山景、大興及兆康苑，故此節省行車時間，客量亦因而大幅提升。
城巴B3A 山景 - 深圳灣口岸
鑑於B3線於屯門區內走線迂迴，而且行車時間頗長，加上服務範圍未有深入良田及寶田一帶，因此在多名屯門區議會爭取下，運輸署批准城巴開辦B3X線，來往山景至深圳灣口岸，途經大興、良田、寶田、建生、兆康苑及富泰，並於2008年8月16日投入服務，同日B3線則不再途經山景、大興及兆康苑。
B3A線提供屯門西北區居民往來深圳灣口岸，客量自開辦以來，一直不斷增長，猶其星期六及假日為港人北上高峰期，客量更大幅倍增。隨著屯門第54區的發展，人口亦因而有所上升，因此B3A線於2024年7月28日來回程改經屯門第54區，不經建生邨一段的震寰路。
城巴B3M 深圳灣口岸 - 屯門站(循環線)
由於B3X線客量龐大，而屯門市中心總站已無法容納大量乘客，而且該線於總站開出時經已滿載乘客甚至頂閘，以至新墟居民久候多時仍未能登車，因此城巴於2013年7月21日開辦B3M線，循環來往深圳灣口岸至屯門市中心，途經新墟及屯門市中心。
B3M線的開辦，除了提供屯門站一帶居民往來深圳灣口岸，亦同時疏導B3X線於屯門市中心及新墟的乘車人流。2020年2月8日因應新冠肺炎疫情而暫停服務，但隨著疫情漸退，中港亦恢復通關，惟B3M線仍未恢復服務，直至2024年12月28日配合深圳地鐵13號線通車，而恢復星期六、日及公眾假期服務。
城巴B3X 屯門市中心 - 深圳灣口岸
B3X線於2007年7月1日開辦，來往屯門市中心至深圳灣口岸，開辦初期中途不設車站。2008年8月16日往深圳灣口岸方向增設屯門公路「新墟街市」及「紅橋」站；而往屯門市中心方向增設屯門公路「紅橋」及屯興路「屯門官立中學」站。
B3X與B3線一樣提供屯門市中心及新墟往來深圳灣口岸，由於B3X線由屯門市中心開出，然後直接取道屯門公路，而B3線當時需繞經屯門西北部一帶，因此B3X線行車時間較為快捷，所以開辦以來，客量一直高企，即使B3線於2008年8月16日起不再繞經屯門西北部一帶，改為駛離屯門市中心後，直接駛入屯門公路，惟屯門市中心的乘車人流甚高，故此B3X線並未受到影響，客量亦長期維持高水平，其後城巴更需開辦B3M線疏導乘客。
嶼巴B4 港珠澳大橋香港口岸 - 機場(客運大樓)(循環線)
B4線於2018年10月24日開辦，循環來往港珠澳大橋香港口岸至機場(客運大樓)，途經航天城，以配合港珠澳大橋香港口岸啟用。
B4線主要方便由澳門或珠海經港珠澳大橋前往香港過境的旅客或市民往返機場(客運大樓)及航天城，惟由於各區已有13條「A」線機場巴士路線繞經港珠澳大橋香港口岸，其他路線也有提供八達通轉乘優惠，因此B4線自開辦以來，客量長期偏低，經常出現「吉車遊街」之情況。
值得一提，B4及B6線為香港首兩條提供24小時服務的專營路線，而且深宵時段並無收取較高票價。
城巴B5 港珠澳大橋香港口岸 - 欣澳站
B5線於2018年10月24日因應港珠澳大橋香港口岸啟用而開辦，來往港珠澳大橋香港口岸至欣澳站，途經北大嶼山快速公路，部份班次繞經迪士尼樂園。2023年4月29日所有早上由欣澳站開出，以及晚上由港珠澳大橋香港口岸開出的班次不再繞經迪士尼樂園。
B5線主要方便由澳門或珠海經港珠澳大橋前往香港過境的旅客或市民往來欣澳站轉乘港鐵東涌綫，以及往來迪士尼樂園遊玩，因此開辦以來，客量一直維持高水平，猶其是星期六或假日，來往迪士尼樂園之客源會大幅倍增，城巴更需增加班次疏導乘客。
自港珠澳大橋香港啟用後，同樣提供接駁港鐵東涌綫的嶼巴B6線客量龐大，在假日的乘車人流更超出負荷，因此當局建議市民或遊客改乘B5線前往欣澳站接駁港鐵，該建議獲不少旅行團響應，使B5線得以分流部份客源。
B6 港珠澳大橋香港口岸 - 滿東邨
B6線於2018年10月24日開辦，來往港珠澳大橋香港口岸至滿東邨，途經東涌市中心，以配合港珠澳大橋香港口岸啟用。
B6線主要方便東涌居民及港鐵東涌綫轉乘客往來港珠澳大橋香港口岸，由於該口岸鄰近東涌市中心，而且東涌「東薈城名店倉」可供旅遊購物，同是該處亦是轉乘往返嶼南區巴士線集中地，因此B6線甫開辦，已有大量乘客在港珠澳大橋香港口岸及東涌等候，猶其假日有不少內地及澳門的「一日旅行團」均會安排團友乘搭B6線來往東涌及口岸，令東涌站經常出現大排長龍之情況。
值得一提，B6與B4線為香港首兩條24小時服務的專營路線，而且深宵時段並無收取較高票價。
城巴B7 上水(寶運路) - 香園圍口岸
B7線於2023年2月6日開辦，來往上水(寶運路)至香園圍口岸，途經天平、粉嶺站及香園圍公路，以配合香園圍口岸啟用。
過往北區居民大多數乘搭港鐵東鐵綫經羅湖口岸或落馬洲站(福田口岸)往來內地，惟由粉嶺站或上水站乘搭東鐵前往羅湖或落馬洲站之收費為B7線的全程收費兩倍，因此當B7線投入服務後，大量北區居民改乘，故此客量相當高企，猶其星期六或假期，乘客急倍增加，城巴更需不斷加開班次疏導人流，但仍然經常出現供不應求之情況。
城巴B8 大圍站 - 香園圍口岸
B8線於2023年2月11日開辦，來往大圍站至香園圍口岸，途經秦石、乙明、富豪花園、濱景花園、大埔、太和(只限去程)及香園圍公路，當時只於星期六、日及公眾假期提供服務，以配合香園圍口岸啟用。2023年9月4日試辦星期一至五服務，直至同年10月7日改為恆常安排。
一直以來，大多數沙田及大埔居民都是乘搭港鐵東鐵綫經羅湖口岸或落馬洲站(福田口岸)前往內地，惟乘搭東鐵前往羅湖或落馬洲站之收費相當昂，故此當B8線開辦後，由於該收費非常便宜，所以大量吸引沙田及大埔區居民改乘，因此客量相當高企，猶其星期六或假期，乘客急倍增加，城巴更需不斷增加班次疏導人流，但仍然經常出現供不應求之情況。
九巴B9 屯門站 - 香園圍口岸
B9線於2023年2月11日開辦，來往屯門站至香園圍口岸，途經元朗公路、元朗站、新田公路、粉嶺公路及香園圍公路，當時只於星期六、日及公眾假期提供服務，以配合香園圍口岸啟用，同年8月1日臨時增星期一至五服務，直至同年9月2日改為恆常安排。
由於屯門及元朗距離香園圍口岸甚遠，大多數居民較為傾向經深圳灣口岸或落馬洲站(福田口岸)過境前往內地，因此客量只屬一般，惟長假期日子會有較多乘客選乘，九巴亦會於該段日子是乎情況增加班次。
九巴B9A 元朗(西) - 香園圍口岸
B9A線於2024年5月4日以試辦形式開辦，來往元朗(西)至香園圍口岸，途經新田公路、粉嶺公路及香園圍公路，只於星期六、日及公眾假期提供服務，其後三度延長試辦期，直至2025年6月30日結束。
B9A線為B9線之輔助線，主要填補該線未有覆蓋的元朗大馬路一帶，同時提供該地居民往來香園圍口岸。不過，B9A線開辦初期的客量並不高，但及至佛誕假期時，客量有明顯的增長。
