796C線於2001年9月10日開辦,當時來往寶盈花園至蘇屋,途經彩明苑、將軍澳隧道、九龍城、旺角及深水埗,是1999年運輪署招標的將軍澳南七條巴士路線之一,初時計劃以荔枝角為總站,但因居民投拆車費過高,最後修訂蘇屋為總站。2002年1月20日往寶盈花園方向增停唐明街「尚德廣場」分站,同年8月11日將軍澳總站遷往將軍澳站,以配合將軍澳站總站啟用,並來回程繞經調景嶺站總站。
796C線取道觀塘繞道直達西九龍,較取道觀塘道同樣往返西九龍的九巴296C線快捷,理應可搶走該路線的客量,惟因往九龍方向不經尚德廣場,而往將軍澳方向,需繞經調景嶺一帶,才駛經尚德一帶,令到行車時間頗長,而且班次疏落,因此未能吸引尚德居民選乘,故此客量只屬一般。
2002年地鐵將軍澳綫通車,雖然乘搭鐵路往返西九龍需要多重轉車,但因行車時間快捷,而且班次頻密,使將軍澳區居民紛紛改乘,導致796C線的客量不斷下跌,即使其後簡化將軍澳區內走線,然而無論行車時間,以及班次始終都不及鐵路般快捷及頻密,因此客量並未有顯著上升。2008年1月14日九龍總站延長至南昌站,2012年9月29日因應南昌站公共運輸交匯處永久封閉,九龍總站遷往深水埗(東京街)。2014年2月9日將軍澳總站遷往清水灣半島,而九龍總站則遷回蘇屋。
除著同樣由將軍澳南往返西九龍的796E(已停辦)及795X線先後開辦,令796C線的班次被削減,而且客源亦因而被分薄,令到客量進一步下跌,因此新巴於2022年8月21日重整將軍澳南往返西九龍的服務,將796C與796E線合併成全新路線793。