94線於1989年11月16日起投入服務，當時由中巴營辦，來往利東至西營盤，途經香港仔、薄扶林及香港大學，只於每日早上至黃昏行走，以取代91線於利東之服務，惟西營盤一帶為純住宅區，交通需求欠奉，但因途經西區多間學校，故此於平日上課日上下課時段會有較多學生選乘，因此於1992年12月20日起縮減至只於平日行走，假日服務則由91線繞經利東取代。
由於中巴經營不善，因此運輸署於1993年將26條路線削予城巴營辦，當中包括來往利東至中環(交易廣場)的97線，故此94線於同年8月16日起延長總站至中環(林士街)，試圖與城巴97線作有限度競爭。1995年1月16日起中環總站遷往中環(港景街)，同年5月9日起中環總站遷往中環渡輪碼頭。1998年9月1日起因應中巴專營權結束，改由新巴營辦。
新巴接辦後，為改善94線的營運狀況，以及與城巴作有限度競爭，先後於1999年5月17日起提升為每天全日服務，以及延長服務時間至午夜，隨後於2002年8月18日起提升為全空調服務，奈何因班次稀疏，而且收費昂貴，導致客量仍然偏低，因此於2004年12月19日起再次縮減服務至只於平日早上繁忙時間行走，並調低全程收費，其餘時間則由91線繞經利東取代。
因應港鐵南港島綫即將通車，因此運輸署預計94線於鐵路通車後，客量會有所流失，故此於2014年初的港鐵南港島線(東段)通車的公共交通服務重組計劃文件，建議94線併入城巴90B線，同年3月作出修訂，改為提升至每天全日服務，以取代91線服務，同年5月方案再次修訂，改為建議94線併入91線，並計劃於港鐵南港島線通車當日起實施，惟因有南區區議員反對下得以保留，改為停辦第二代94X(已停辦)線，最終相關建議於2017年5月2日起實施，94線亦於同日起加密星期一至五往中環方向班次。
相隔多年，鑑於94及91線於香港仔至中環一段行車路線幾乎完全重疊，早上繁忙時段客量更持續偏低，為善用資源，於2022年的巴士路線計劃內，新巴及運輸署建議停辦94線，由91線全日繞經利東替代，但仍保留其中一班由海怡半島開出，不經利東的特別班次，走線則維持不變，建議經南區及中西區區議會討論後得到落實，94線於2022年8月29日起停辦，而91線亦於同日起所有常規班次及其中三班海怡半島開出特別班次繞經利東。
值得一提，94線曾是港島非過海巴士路線當中，少數不設八達通巴士轉乘優惠的路線之一，直至2018年9月23日因城巴高鐵特快專線W1投入服務並與94線提供轉乘優惠，這個局面才宣告結束。
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