早於1998年，因應龍門居及富健花園入伙後的交通需求，九巴於《1998-1999年度屯門區巴士路線發展計劃》建議開辦259M線，由龍門居開往青衣站，惟最後開辦的是開往荃灣站的259E線，於同年9月14日起投入服務，由龍門居開出後直接駛上皇珠路開往荃灣站，初時只於平日早上繁忙時間提供單向服務，方便居民前往 荃灣上班或轉乘地鐵荃灣綫(現港鐵荃灣綫)，同時輔助同樣往來荃灣站的59M線。2002年7月22日起增加一班08:10由富健花園開出之特別班次，方便該屋苑居民不用走到龍門居總站上車。
259E線的收費與當時59M線仍是普通及空調混合時的空調巴士收費相同，但當59M線於2003年1月18日起提升為全空調服務，並降低全程收費，令259E線收費便比59M線為高，但行車里數卻比59M為短，成為一時佳話。隨著五天工作周日漸普及，星期六的乘客量出現明顯下降，單靠59M線也足以應付需求，因此於2013年9月28日起取消星期六服務。
因應屯門碼頭一帶早晨特別線的客量受到屯門公路轉車站影響而進一步下跌，故此九巴及運輸署於《2014-2015年度屯門區巴士路線發展計劃》中，建議停辦259E線，以便騰出資源開辦259X線(來往龍門居至觀塘碼頭，經九龍灣商貿區)，其後翌年的《2015-2016年度屯門區巴士路線計劃》中，則因應區議員及地區人士的意見而保留259E線，但班次有所削減，最後修訂後的改動建議得到落實，於2015年12月28日起實施，當日起縮減班次至七班。在隨後的《2017-2018年度巴士路線計劃》中，九巴及運輸署建議進一步削減259E線的服務，改為只於星期一至五0600及0630開出兩班，同時59M線由新屯門中心開出的早晨特別班次，則增加班次及繞經龍門居總站，以替代259E線於原有服務時段的服務，但建議出爐後，遭受多名屯門區議員以新屯門中心上車的居民需加長行車時間及令龍門居居民上車出現登車困難為理由反對，計劃最終擱置。
相隔多年後，因應屯門(湖山路)及(海皇路)的發展及新增人口，與及配合位於後者的私人屋苑「御海灣 Regency Bay」於2021年落成入伙，九巴及運輸署於《2021-2022年度巴士路線計劃》內，建議259E線修改走線，由龍門居開出後改經龍門路(南行)、湖山路、海皇路、皇珠路、屯門公路及屯門公路轉車站後返回原有路線，除擴大服務範圍外，更方便上述新發展區居民有直達屯門公路轉車站及荃灣市中心的巴士服務，同時為配合該項改動，原有富健花園開出之特別班次，則併入常規路線及改於龍門居開出，建議獲屯門區議會通過後，於2021年12月13日起實施，惟在客量不斷萎縮情況下，九巴及運輸署於《2026-2027年度巴士路線計劃》中，建議停辦259E線，並獲得落實，於2026年7月27日起停辦。
