1R線於2001年1月24日起投入服務，為嶼巴首條由市區開往大嶼山的路線，當時由紅磡碼頭開往昂坪，途經尖沙咀、旺角及塘福(若巴士有剩餘座位，將加停東涌市中心。)，只於星期日及公眾假期提供服務。2003年5月1日起加經深水埗，並在長沙灣道增設車站。2015年4月20日起改停東通(達東路)總站，以配合東涌市中心總站重建，2019年1月12日起紅磡總站遷往紅磡(紅鸞道)。
1R線主要方便市民或遊客於假日由九龍市區直達大嶼山旅遊熱點，而無須於東涌轉車，同時紓緩來往東涌至昂坪的23線之客量，由於1R線只開出數班車，而且班次較為疏落，加上大多數市民或遊客早已習慣於東涌市中心轉車，因此整體客量只屬一般，隨後來往東涌至昂坪的360纜車於2016年9月18日起投入服務，因乘搭纜車往返兩地之行車時間較為快捷，以及班次相當頻密，使1R線客量進一步下跌，班次亦因而被削減。
值得一提，1R線雖為嶼巴路線，但自開辦以來，一直使用母公司冠忠遊覽車的車隊，直至2025年1月29日(大年初一)，嶼巴為慶祝是年度農曆新年，首次派出自己車隊Man RC2低地台單層空調巴士(乙巳蛇年」生肖巴士)行走1R線之特別加班車，因此成為自家專營巴士首次於九龍市區行走。
34線於1997年8月16日起投入服務，當時來往東涌市中心至石門甲，途經東涌舊碼頭。2006年2月6日起來回程繞經逸東總站，2007年1月9日起來回程不再繞經東涌舊碼頭。2015年4月20日起東涌總站遷往東涌(達東路)，以配合東涌市中心總站重建。
34線提供石門甲及赤鱲角新村村民往返東涌市中心，以及東涌站接駁港鐵之服務，惟因沿線人口甚少，因此平日客量偏低，但每逢假日會有大量郊遊人士經石門甲前往地塘仔及昂坪的登山徑，所以34線於該日子之客量會較多，甚至出現全車滿座的情況。
37線於1999年6月20日起投入服務，當時循環來往東涌站至東涌碼頭，只於星期六、日及公眾假期行走。2000年8月31日起提升至每天全日服務，並來回程繞經東涌北，2001年8月31日起總站迪東涌站延長至逸東。
37線開辦初期，主要方便逸東邨及東涌北一帶的私人屋苑居民往返東涌市中心，以及東涌站接駁港鐵，但因班次疏落，故此客量持續偏低，直至海堤灣畔、藍天海岸及映灣園等多個私人屋苑相繼入伙，與及位於松逸街及東涌北的多間學校開課，37線客量開始有所增長，然而當來往東涌站至東涌北的第一代37A線(已停辦)提升至每天全日服務後，使兩線的服務範圍重叠，以致客量被分薄，故此37A線於2004年4月4日起併入37線，並改為來往逸東至映灣園，同年5月30日起逸東總站遷往逸東邨三號停車場地下室內總站，以配合逸東(二)邨入伙。
除著東薈城擴展部份及諾富特東薈城酒店相繼落成，同時連接東涌市中心及東涌北的行人天橋亦相應啟用，使居民或學生能以步行方式直達東薈城及東涌站，而映灣園也有班次頻密的免費屋邨巴士往來東涌站，令到37線需求大減，除了平日上課日上下課時段外，其餘時間客量甚低，因此於2006年11月19日起縮減至只於星期一至五上課日上下課時段提供服務，其他時段由城巴E21A線的雙向分段收費取代，但因應居民要求，於同年11月25日起恢復星期六及假日早上服務。
因應北大嶼山醫院首期於2013年9月24日起啟用，為了方便東涌居民往返該處，37線於同年9月20日起再度提升至每天全日服務，同年9月30日起延長服務時間至凌晨。2017年2月16日起東涌北總站延長至迎東邨，並來回程加停迎東路「昇薈」，以配合迎東邨、私人屋苑昇薈及東環入伙。
不過，37線之服務範圍與37H線大幅度重叠，而迎東邨一帶居民較傾向選乘較快捷的37M線往返東涌站，導致兩線的客量持續欠佳，故此37線於2021年2月7日起再度恢復只於平日上課日上課及下課(只限往迎東邨方向)時段行走，並來回程不再繞經東涌發展碼頭，其餘時段由37H線代替。
37H線於2015年10月10日起投入服務，當時來往映灣園至北大嶼山醫院，途經東涌市中心。2017年1月1日起東涌北總站遷往迎東邨，並加停文東路「映灣園一期」(往迎東邨方向)及迎東路「昇薈」。2020年2月12日起改為循環線運作，並改經健東路及東涌發展碼頭，同年9月23日起取消循環線運作，同時來回程不再繞經健東路及東涌發展碼頭，但仍維持駛經東涌站總站及逸東邨，同年11月18日起來回程不再繞經東涌站總站及逸東邨，以及取消循環線運作。
37H線提供東涌居民往來北大嶼山醫院之服務，在投入服務初期，因服務範圍及行車路線與37及38線重叠，引致客量偏低，故此運輸署於2020年12月向離島區議會提出，建議重組37及37H線，前者縮減至只於平日上課日上下課時段，分別由迎東邨及滿東邨提供單向服務，並來回程不再停靠東涌發展碼頭，而後者則延長至滿東邨，以及改為循環線運作及更改於東涌西之走線，與及繞經東涌發展碼頭，其後該項重獲得落實，於2021年2月7日起實施。
不過，37H線實施改動後，有東涌區議會反映，有不少居民投訴，指37H線全程需嬈經逸東總站兩次，使到行車路線變得極度迂迴，同時裕泰苑對出的東涌道近壩尾路的迴旋處擴闊工程經已完成，因此運輸署於2021年9月向離島區議會提出，建議修改37H線往滿東邨方向由順東路(裕東苑)起依次繞經北大嶼山醫院、裕泰苑、滿東邨及逸東邨，然後返回原有路線往東涌北，並來回程不再繞經健東路，最終建議於同年11月27日起實施，除減少走線迂迴，更為新入伙的裕泰苑居民提供往來東涌區內的巴士服務。
然而改道實施後，37H線需要繞經壩尾村一段的東涌道，以及於該處掉頭，惟該帶經常有違例泊車阻塞，而巴士途經該處亦產生噪音問題，故此經運輸署及地區人士多次相討後，當局於2022年5月向離島區議會提出，建議於松仁路南行近裕泰苑設置巴士站，最終工程於2024年初落成，並於同年4月22日起，改停該巴士站，替代原位於東涌道近壩尾村的巴士站。
值得一提，37H線之北大嶼山醫院總站設於醫院平台，因此成為首條以醫院平台為總站的專營巴士路線。
37M線於2016年4月1日起投入服務，當時循環來往東涌站至昇薈，以配合昇薈入伙，2017年2月16日起改為循環來往迎東邨至東涌站。
37M線主要方便迎東邨、昇薈及裕雅苑居民往來東涌站轉乘港鐵或其他巴士路線，以及東涌市中心購物及消閒，由於走線直接，以及班次相當頻密，而且收費便宜，因此自投入服務以來，客量一直維持高水平。
38線於2001年3月15日起投入服務，循環來往逸東至東涌站。2004年5月30日起逸東總站遷入逸東邨三號停車場地下室內總站，以配合逸東(二)邨入伙。
38線主要提供逸東邨居民往返東涌市中心及東涌站接駁港鐵之服務，在投入服務初期，因受到服服範圍相約的城巴S52及龍運S64線競爭，而且班次較為稀疏，因此客量甚低，直至逸東邨陸續入伙，人口日漸上升，38線因而開始加密班次，加上往東涌站方向車費較便宜，以及先後與港鐵、城巴及龍運北大嶼山對外路線提供八達通轉乘優惠，故此客量不斷上升，其後北大嶼山醫院啟用，38線更肩負來往該醫院的服務，令到重要性再一次提升，並成為嶼巴盈利最高的路線。
值得一提，嶼巴在政府全額資助下，於2014年購入兩部比亞迪電動巴士(K9R)，首輛巴士於2016年9月運抵香港，及後兩輛巴士同於2018年4月4日出牌，於同年7月25日於37H線首次行走，展開為期兩年的試驗。
A35線於1998年7月6日起投入服務，當時來往梅窩碼頭至機場(地面運輸中心)，途經國泰城、東涌市中心、東涌道及嶼南道，以配合赤鱲角機場啟用，同年7月11日起機場總站遷往一號客運大樓(暢達路)。2006年9月29日起乘客登車時改為先付往東涌的車資，如欲前往機場各站，則須在下車時另付東涌市中心至機場段的車資，同年10月21日起部份班次繞經梅窩舊墟及東涌市中心。2015年4月20日起因應東涌市中心總站重建，來回程改經東涌(達東路)總站。
A35線主要方便大嶼山南部(梅窩、南山、貝澳、長沙及塘福)及東涌道(伯公坳及石門甲)沿線居民往來機場，然而因嶼南區人口密度較少，來往機場的需求甚低，而且梅窩至東涌之一段走線與3M線完全重叠，而東涌至機場的服務亦有城巴及龍運聯營的S1、城巴S56及龍運64線提供，故此A35線客量一直偏低，因此於2008年11月16日起大幅削減班次至每日兩邊方向開出五班車。2018年10月24日起配合港珠澳大橋通車，當日早上九時起總站由一號客運大樓(暢達路)遷往港珠澳大橋香港口岸。2019年4月27日起因應東涌市中心總站重建完成，來回程恢復繞經該處，2023年12月17日起來回程繞經航天城總站。
值得一提，A35線創下多個「唯一」的紀錄，1.嶼巴唯一往返機場的路線；2.唯一於假日收取較高車費的日間機場路線；3.唯一設有雙向分段收費的機場路線；4.唯一沒有低地台巴士行走的機場路線；5.唯一不停機場客運大樓離境大堂層及機場(地面運輸中心)的「A」線；6.唯一只於繁忙時間提供服務的「A」線；7.與城巴A23及龍運A33X線，為僅有三條服務航天城的「A」線。
S1線於1999年6月20日起開辦，由城巴及龍運營辦，為全港首條非過海全日聯營線，循環來往東涌至機場，途經民航處總部，以取代同日停辦的城巴S51及龍運S61線。2005年12月20日起往東涌站方向繞經航天城路、航展道及航天城東路，以配合亞洲國際博覽館啟用。
S1線提供東涌居民往返機場客運大樓及機場東商業區之服務，由於路途相當直接，而且亦是唯一全日途經機場東商業區的路線，加上乘搭港鐵東涌綫轉乘S1線之車費，較機場巴士線(A線)及機場快綫便宜，因此有部份海外出版的旅遊指南及地圖也建議使用這個方式往來機票及市區，所以S1線無論任何時候每班車都高朋滿座，即使受到服務範圍相約的城巴S56線競爭，惟該線往機場須繞經東涌北，以及班次較為稀疏，故此受到的影響甚微。
S52線於1998年6月22日起開辦，當時來往東涌站至飛機維修區，途經國泰城及機場後勤區，以配合機場後勤區啟用。1999年6月20日起配合S51線停辦，來回程改經駿裕路及駿運南路往返飛機燃料庫及機場空運中心，以經駿坪路，不經國泰城及機場空運貨站，同時因應S54停辦，增設與S55線(已停辦)之八達通轉乘優惠。2001年4月2日起配合S55線停辦，原有八達通轉乘優惠改由E21線提供，同年4月23日起東涌總站延長至逸東。2004年5月30日起逸東總站遷往逸東邨三號停車場地下室內總站，2008年7月7日起來回程恢復途經國泰城，不再途經駿裕路及駿運南路。
S52線主要方便於機場後勤區工作的東涌居民，然而因該處人流稀少，而且有不少機構設有員工巴士接載員工出入，加上部份走線與E21及龍運S64線重叠，以致客量長期偏低，只限繁忙時間及午膳時間才有較多乘客，而每逢假日，會有大量攝影愛好者及釣魚人士前往機場07R跑道末端的南環路旁邊攝影及垂釣，故此於該日也有一定的客量。
S56線於2002年12月7日起開辦，當時來往東涌新發展碼頭至機場(一號客運大樓)，途經飛機燃料庫。2004年4月26日起往機場方向繞經東涌北，同時東涌北前往機場之乘客，需於東涌新發展碼頭下車，然後使用同一張八達通免費轉乘下一班往機場方向的班次。2006年12月17日起配合嶼巴37線縮減服務，非繁忙時間班次改以東涌站為總站，2007年12月10日起往機場方向加停國泰城。2008年7月7日起因應屯門至東涌渡輪航線停航，所有班次均以東涌站為總站，並取消東涌新發展碼頭之分站，同時由機場前往東涌北的乘客，到達東涌站後可於車上等候開出前往東涌北。2009年2月23日起配合S56A線停辦，每日早上及傍晚部分班次加停東涌新發展碼頭。2016年8月22日起所有班次均停靠東涌新發展碼頭，同時每日00:00由東涌站開出的尾班車以迎禧路昇薈對面為總站，不會前往機場。2017年2月27日起往機場方向繞經迎東路，同時往返東涌站及機場的尾班車返回東涌站後，改以迎東路「昇薈」南行站為總站，同年7月18日起每日00:00開出之尾班車改為先經東涌北，再繞經機場及東涌站，然後折返東涌北，並假留於「迎禧路」站結束行程的安排。2023年11月26日起往機場方向繞經裕雅苑，往東涌方向繞經新落成的航天城總站，同時每日23:35及00:00由東涌站開出之班次繞經機場及東涌站後，改以怡東路「裕雅商場」站為總站。
S56與城巴及龍運營辦的S1線之兩邊總站相同，惟往機場方向繞經東涌北，故此主要客源為該地區之居民，但由於機場前往東涌的行車路線較S1線快捷，所以也吸納東涌市中心居民選乘，因此此方向之客量甚高，更經常出現全車滿載的情況。
S64線於1998年6月22日起投入服務，當時來往東涌站至赤鱲角碼頭，途經機場後勤區及客運大樓，以配合機場後勤區啟用。1999年6月20日起配合S61線停辦，改為循環線運作，並往東涌方向不經機場(地面運輸中心)。
S64線投入服務初期，適逢赤鱲角機場啟用之始，當時有大量市民前往該處參觀，令到客量相當龐大，但當熱潮逐漸減退，客量便急劇下降，直至2001年4月1日起延長東涌總站至逸東後，客量才稍有起色，2004年5月30日起逸東總站遷入逸東邨三號停車場地下室內總站。
不過，S64線於機場內所覆蓋的範圍甚廣，以致走線迂迴，以及行車時間頗長，在居民及區議員不斷爭取下，運輸署與龍運巴士於2014年5月向離島區議會提出，建議S64線分拆成兩條路線，分別由逸東邨往返機場貨運區、航膳區及客運大樓，以減少行車時間，最終方案為每日早上繁忙時間，S64分拆為兩條路線S64C及S64X，前者由逸東邨循環來往港鐵東涌站、國泰城、貨運區及航膳區，並增設平日下午由香港空運貨站開往東涌站及逸東邨的短途特別班次，而後者則由逸東邨往來國泰城、航膳區及客運大樓，不入港鐵東涌站，最終分拆方案於2014年11月22日起實施。
值得一提，龍運巴士在環境保護署資助下，於2016年引入了4輛比亞迪K9R電動巴士，於2017年7月31日起首次於S64線作試驗行走，因此成為北大嶼山及機場路線中，首條引入電動巴士行走的專營巴士路線，除此之外，S64線亦為龍運巴士首條派出12.8米「巨無霸巴士」行走的龍運機場穿梭巴士路線。
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