N1線於1999年4月1日起投入服務，當時來往梅窩碼頭至大澳，途經嶼南道、羗山道及大澳道，只於每日凌晨對開一班，以配合油蔴地小輪中環至梅窩航線(現由新渡輪營辦)增設深宵班次，2003年1月7日起提升至全空調服務。
N1線主要方便大澳、深屈道及嶼南道沿線村民於凌晨時段前往梅窩碼頭接駁渡輪，惟服務範圍為鄉村地區，人口並不多，對於凌晨交通需求甚低，以致客量長期偏低，因此於2006年1月7日起取消開往梅窩碼頭之服務。
N35線於1998年11月1日起入服務，當時來往梅窩碼頭至機場(客運大樓)，途經嶼南道、東涌道、逸東、東涌市中心及機場後勤區。
N35線主要方便南大嶼山及東涌道沿線居民於凌晨時份往來東涌及機場，但因嶼南區一帶人口並不多，加上深宵交通需求稀少，因此客量一直偏低，故此於2001年6月16日起來回程縮減至三班車。2018年10月25日起因應港珠澳大橋香港口岸啟用，總站由機場(客運大樓)延長至該處，並上調全程收費。
值得一提，N35線為唯一往來嶼南區的通宵機場路線及於假日收取較高車費的通宵機場路線，亦是各新市鎮區內路線中，收費最高的一條，平日及假日全程收費分別達$34.20及$47.90，同時以全程行車里數33.3公里，成為現時行車里數最長的新界區內路線，但曾於2006年9月29日起與A35線，並列這項紀錄保持者，直至於2009年2月6日起，因東涌道改善工程，令嶼南道的入口東移，行車里數再度增加，來回均行經的繞路段長達11公里，令N35線再次獨享該紀錄。
鑑於東涌北一帶住宅區(映灣園及昇薈等)於日間巴士路線收車後，並無往來東涌市中心之通宵公共交通服務(現時只有龍運機場通宵路線N31，於整個深宵時段提供往返東涌北、東涌市中心、青衣及荃灣的服務，另有城巴N21A線於深宵由市區單向經東涌北至機場)，加上迎東邨落成入伙，預料會產生新增之深宵時段交通需求，嶼巴及運輸署於2017年的巴士路線計劃中，提議開辦一條往返迎東邨與東涌站，取道文東路(映灣園)來往之深宵巴士路線，編號為N37，按照原定計劃，預定於2017年第二季開辦的N37線會採取雙向運作，每晚0030-0150由東涌站開出，0050-0130由迎東邨開出，班次為20分鐘一班，然而N37線最終延遲至2018年5月17日起才投入服務，而且服務時間改為0100-0200及改為循環運作，班次則加密至每15分鐘一班，與原方案有出入。
N37線投入服務後，成為繼2003年6月至2005年10月期間，嶼巴開辦N38線深宵由東涌站往東涌北之特別班次，相隔接近13年後，東涌北再次出現區內往返港鐵東涌站的深宵巴士服務，亦以全程收費$5.10，成為目前香港各專營通宵巴士路線中，兩條全程收費最平路線之一(另一條為嶼巴N38線)。
N38線於2001年8月16日起投入服務，當時循環來往逸東邨(康逸樓)至東涌站，2002年9月1日起改為兩邊總站。
N38線為首條東涌區內通宵路線，同時為整個凌晨時段提供服務的通宵路線，主要方便逸東邨居民於通宵時段往來東涌市中心及方便夜歸返回逸東邨的港鐵東涌綫轉乘客。因應配合東涌北發展，N38線於2003年6月2日凌晨起加開東涌市中心單向開往文東路的特別班次，2004年5月30日起逸東總站遷往逸東三號停車場地下的有蓋公共運輸交匯處。不過，由於東涌市中心和文東路有了行人天橋連接，使N38線開往東涌北的特別班次客量偏低，最終於2005年10月1日起停辦，而該帶往來東涌市中心的通宵服務，直至2018年5月17日凌晨起才再次開辦，不過是次卻以獨立路線N37運作。
值得一提，N38線是香港專營巴士路線中，首條提供港鐵轉乘優惠的通宵巴士路線，亦是目前香港各專營通宵巴士路線中，兩條全程收費最便宜路線之一(另一條為嶼巴N37線)，也是全港最短的通宵巴士路線，全程只有2.2公里，同時N38與38線，成為香港僅有三組日、夜間路線均採用相同走線的組合之一(另外兩組為九巴3D/N3D線及960/N960線)。
鑑於凌晨時份於機場(客運大樓)及機場後勤區下班或乘搭夜機抵港的東涌居民返回東涌一帶，只能乘搭龍運的通宵機場巴士N線，惟往東涌方向卻需繳付全程車費，東涌居民認為不公平，因此龍運巴士於2009年10月12日起，利用部份S64線的巴士車隊，於試辦形式開辦N64線，接載深宵於機場及機場後勤區下班或乘搭夜機抵港的東涌居民，方便他們以較便宜車費回家，由機場開出後便依S64線相同路線開往東涌市中心及逸東，2010年1月12日起正式提升至常規路線。
不過，N64線因只於凌晨時段開出兩班次，故此當N31線於2013年5月1日起新增機場至東涌區內的短程分段收費，而且該線提供全晚通宵服務，加上於東涌的服務範圍深入滿東邨及東涌北一帶，導致N64線失去了部份客源，惟N31線未有覆蓋航膳東路及逸東總站，故此仍有一定乘客支持。
值得一提，N64線是龍運首條及唯一一條由機場開往東涌的區內通宵巴士路線，也是第二條服務機場客運大樓及後勤區的區內通宵巴士路線(首條為嶼巴通宵路線N35線)。
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