自新冠肺炎於2020年起入侵香港，令到大量市民未能外出旅遊，因而改為前往郊區消閒，猶其是往來西貢一帶郊遊熱點的人流最多，惟往返西貢郊野公園的巴士服務網絡(包括常規路線及假日路線)，只覆蓋西貢市中心、彩虹/鑽石山、馬鞍山及沙田一帶，往來其他地區均需要轉車。
鑑於周末及假日往來西貢一帶郊野公園的需求有上升趨勢，時任運輸及物流局局長林世雄於2022年10月15日的網誌中，表示為方便市民往返十四鄉及西貢郊野公園郊遊，運輸署正與巴士公司協調，於同年底前逢週末及假日增設兩條分別由荃灣及大埔往返北潭涌的巴士服務，其後當局於同年12月，公佈該兩條旅遊巴士路線的編號分別為33R及74R，分別往返荃灣(愉景新城)及太和，特快往返馬鞍山市中心、十四鄉、大網仔及北潭涌，逢星期六及假日早上開出四班前往北潭涌，下午至黃昏由北潭涌開出四班，兩線最終於同年12月17日起投入服務。
鑑於西貢公路於周末及假日經常出現交通擠塞，故此33R線於荃灣(愉景新城)開出後，取道福來邨及如心廣場，然後依49X線相同走線(經荃灣市中心及綠楊新邨)至城門隧道轉車站，然後不停站直達馬鞍山市中心、十四鄉、大網仔及北潭涌一帶郊野公園，避開交通繁忙的龍翔道、清水灣道及西貢公路；並提供往返西貢市中心及黃石碼頭巴士路線的轉乘優惠，方便透過轉乘往返北潭凹、黃石碼頭及西貢市中心。
不過，在33R線投入服務之時，新冠肺炎疫情日漸緩和，防疫措施陸續解除，而各關口亦陸續恢復通關，使前往西貢郊野公園郊遊的需求大減，加上荃灣距離西貢郊區甚遠，而該區居民大多傾向前往鄰近的城門水塘及大帽山郊遊，故此整體客量只屬一般。
值得一提，33R線投入服務後，成為繼於1991年6月30日開辦的263R線(現263線)後，相隔31年再次有全新假日旅遊路線開辦，並取道城門隧道往返及參與城門隧道轉車站轉乘網絡，也是首條直達西貢郊區的九巴城門隧道巴士路線，亦是繼38B線(海濱花園至碩門邨)後，第二條服務沙田區的30系列編號九巴路線，同時為首兩條非採用90或290編號系列的九巴西貢區巴士路線。
自新冠肺炎於2020年起入侵香港，令到大量市民未能外出旅遊，因而改為前往郊區消閒，猶其是往來西貢一帶郊遊熱點的人流最多，惟往返西貢郊野公園的巴士服務網絡(包括常規路線及假日路線)，只覆蓋西貢市中心、彩虹/鑽石山、馬鞍山及沙田一帶，往來其他地區均需要轉車。
鑑於周末及假日往來西貢一帶郊野公園的需求有上升趨勢，時任運輸及物流局局長林世雄於2022年10月15日的網誌中，表示為方便市民往返十四鄉及西貢郊野公園郊遊，運輸署正與巴士公司協調，於同年底前逢週末及假日增設兩條分別由荃灣及大埔往返北潭涌的巴士服務，其後當局於同年12月，公佈該兩條旅遊巴士路線的編號分別為33R及74R，分別往返荃灣(愉景新城)及太和，特快往返馬鞍山市中心、十四鄉、大網仔及北潭涌，逢星期六及假日早上開出四班前往北潭涌，下午至黃昏由北潭涌開出四班，兩線最終於同年12月17日起投入服務。
74R線之行車路線由太和開出後，只停靠大埔中心及廣福，然後取道吐露港公路及大老山公路，不停站直達馬鞍山市中心、十四鄉、大網仔及北潭涌一帶郊野公園，並提供往返西貢市中心及黃石碼頭巴士路線的轉乘優惠，方便透過轉乘往返北潭凹、黃石碼頭及西貢市中心。
不過，在74R線投入服務之時，新冠肺炎疫情日漸緩和，防疫措施陸續解除，而各關口亦陸續恢復通關，使前往西貢郊野公園郊遊的需求大減，雖然大埔與西貢郊區只是一海之隔，但從陸路往返需繞一大圈，走線顯得迂迴，而且行車時間亦頗長，而大埔區居民大多傾向前往鄰近的林村、大美督及新娘潭一帶郊遊，故此整體客量只屬一般。
值得一提，在74R線投入服務前，九巴曾於2019年4月23日至4月28日其間，開辦來往太和至黃石碼頭的特別路線R94，以配合十年一度的《第二十二屆塔門聯鄉太平清醮》之乘客需求，而R94與74R線之走線大致相同，惟前者的西貢郊區總站設於黃石碼頭。此外，74R線所途經的西沙路(水浪窩至帝琴灣一段，即十四鄉一帶)均位處西貢北，按2019年區議會選區分界，屬於大埔區議會，故此74R線雖然為跨區路線，但中途途經屬大埔區的十四鄉，為專營巴士線上少有的紀錄。
91線前身為第一代21線，於1948年9月21日起投入服務，當時來往清水灣(上洋村)至九龍城，途經清水灣道。1955年11月1日起清水灣總站延長至大澳門，1956年7月4日起九龍總站遷往九龍城碼頭，1967年因香港發生暴動事，九巴以缺乏人手為由於同年6月25日起暫停21線之服務，直至同年9月23日起恢復服務，惟九龍總站縮短至彩虹。1973年7月16日起配合九巴路線大規模重整，路線編號改為91，1981年8月15日起清水灣總站由大澳門延長至清水灣公共運輸交匯處。1991年7月22日起來回程繞經香港科技大學(北閘)，以配合該校園入伙，1996年4月16日起增設空調巴士服務。1997年11月2日起九龍總站延長至鑽石山站，以配合鑽石山站公共運輸交匯處啟用，2001年9月16日起提升為全空調服務。
91線為清水灣道沿線(介乎清水灣公共運輸交匯處至坑口道之間)首條，以及唯一每天全日服務的巴士路線，惟該地區人口並不多，而且居民大多數為有車階級，因此除在平日香港科技大學上下課時段會較多乘客外，其餘時間客量甚低，然而於假日有不少市民及遊客前往清水灣一帶郊遊，以及清水灣泳灘暢泳，故此於該日子之客量會大幅增加，猶其是泳季假日，乘客更會倍增，需加開班次疏導乘客。
因應三三四新學制，於2012年9月有兩批分別經歷最後一屆高級程度會考及第一屆香港中學文憑試的中學畢業生入讀香港科技大學，為減輕學生及教職員人流增加對香港科技大學(正門)總站構成的壓力，當局及香港科技大學於停車場的南面(黃焯書科研中心隔鄰)與建一個全新的公共運輸交匯處，以分流由香港科技大學前往九龍市區及將軍澳的人流，工程於2012年8月6日完工，並隨即於同日起啟用，91線亦於當日起往鑽石山站方向改為繞經銀影路及香港科技大學(南閘)公共運輸交匯處，不經香港科技大學(正門)。
每逢泳季假日都會有大量市民或遊客前往清水灣泳灘暢遊，雖然91線已不斷加開班次疏導客量，但仍難以應付龐大的乘車人流，因此九巴早於1975年6月29日起開辦豪華巴士路線291(已停辦)，作輔助91線之用，惟因收費昂貴，加上不設企位，故此疏導乘客作用不大，最終於1982年6月20日起改由第一代91R線(已停辦)取代，然而該線亦因收費問題而客量長期偏低，所以於1992年9月後再沒有提供服務，直至1999年9月5日起正式停辦。
隨著2020年，新冠肺炎入侵香港，使大量市民未能出外旅遊，因而改往郊區及泳灘消閒，令到前往郊區之需求大幅增加，而於泳季假日客量更大幅倍增，因此九巴於2021年6月19日起開辦第二代91A線，早上班次由鑽石山站開往清水灣，下午班次由清水灣開往彩虹邨(紅萼樓)，途經彩雲及清水灣道(只停數站)，只於泳季之星期六、日及公眾假期提供服務，同年8月29日起提供服務後，其後未有再次提供服務，但九巴至今仍未官方正式停辦路線。
91M線前身為1976年4月1日起投入服務的第一代91A線，當時來往坑口村至竹園(黃大仙)，途經清水灣道及彩虹。1979年12月16日起因應地鐵(現港鐵)修正早期系統旺角至尖沙咀一段通車，九龍總站縮短至鑽石山站，並更改編號為91M。1983年11月3日起九龍總站縮短至彩虹站(坪石總站)，1988年7月起坑口總站遷往坑口道公共交通總站(現昭信路坑口花園)。
91M線主要方便坑口村村民往返九龍市區，以及接駁地鐵，惟鄉村人口並不多，對於交通需求甚低，而且班次疏落，以致客量一直偏低，因此運輸署曾於1987年計劃開辧定線相同的專綫小巴11線替代91M線，但遭到西貢區議會強烈反對，然而該小巴線卻獲當局批出，並於1988年6月30日起投入服務。
隨著坑口開始發展，91M線於1990年5月25日起延長坑口總站至坑口(北)，並加密班次，之後於1991年5月27日起坑口總站延長至坑口(安寧花園)，擴大了服務範圍，惟因走線迂迴，而且班次稀疏，所以客量依然欠佳。與此同時，香港科技大學啟用，91線於1992年3月27日起逢星期一至六上下午繁忙時間繞經該處，其後於1994年9月5日起所有班次均繞經香港科技大學，以方便科大學生及教職員，客量亦因此有所上升。1996年4月16日起增設空調巴士服務，1997年11月2日起九龍總站遷回鑽石山站，以配合鑽石山站公共運輸交匯處啟用，同時來回程繞經新蒲崗。1999年8月30日起提升為全空調服務，是途經清水灣道的路線中首條提供全空調服務的全日路線。
由於另一條往來香港科技大學至將軍澳的298M線(已停辦)，自投入服務以來客量長期偏低，為善用資源，91M線於2004年6月19日起延長將軍澳總站至寶林，並增設由香港科技大學往寶琳的分段收費$3.50(現為$4.30)，使往來香港科技大學及將軍澳來回車費不變，成功吸納部份往返科大及將軍澳之乘客，客量亦因而進一步上升。
因應三三四新學制，於2012年9月有兩批分別經歷最後一屆高級程度會考及第一屆香港中學文憑試的中學畢業生入讀香港科技大學，為減輕學生及教職員人流增加對香港科技大學(正門)總站構成的壓力，當局及香港科技大學於停車場的南面(黃焯書科研中心隔鄰)與建一個全新的公共運輸交匯處，以分流由香港科技大學前往九龍市區及將軍澳的人流，工程於2012年8月6日完工，並隨即於同日起啟用，91M線亦於當日起往鑽石山站方向改為繞經銀影路及香港科技大學(南閘)公共運輸交匯處，不經香港科技大學(正門)。
鑑於下午繁忙時間，91M線超過70%的乘客都是由科技大學前往寶林，為更有效運用巴士資源，以及配合大埔仔地區的發展及科技大學的乘客需求，九巴及運輸署於2016年的西貢區巴士路線計劃中，建議往寶琳方向抽出一班車，以增設一班下午繁忙時間短途特別班次，由香港科技大學(正門)開往寶林，依常規路線的走線行駛，建議最終得到落實，於同年9月1日起實施。
每逢泳季假日，都有大量將軍澳南的居民前往清水灣泳灘暢泳，惟該地區只得專綫小巴103M線往返泳灘，而小巴因座位有限，難以應付泳季假日人潮，因此新巴於2006年8月20日至11月26日期間之假日，開辦來往調景嶺站至清水灣泳灘的假日路線797R(已停辦)。2007年7月22日起再次提供服務，但於同年9月2日提供服務後，往後再沒有再次提供服務。
然而於泳季假日，前往清水灣泳灘暢泳之人流甚高，單靠專綫小巴103M線，實在難以應付龐大的客源，因此九巴於2014年8月24日起以試辦形式開辦來往彩明至清水灣的第二代假日路線91R，途經將軍澳市中心及清水灣道，只於泳季假日中午提供開往清水灣，以及下午開往彩明之服務，同年10月26日起試辦期結束。2015年6月20日起再度提供服務，並提早開往清水灣之服務時間﹐服務期直至同年10月1日為止。2016年6月5日起再次提供服務，同時服務期縮短為六月至八月之假日。2017年5月28日起只提供假日下午開往彩明之服務，2020年5月16日起因應乘客需求，增設星期六服務。2021年6月12日起恢復假日開往清水灣之服務，2022年5月21日起再度取消假日開往清水灣的服務，2024年6月10日起取消星期六服務。
值得一提，91R線之兩邊總站均於西貢區，因而成為現時唯一西貢區內假日特別路線。
92線前身為1948年9月21日起投入服務的22線，當時來往西貢至九龍城，途經清水灣道，1956年7月4日起九龍總站遷往九龍城碼頭。1967年因應香港發生暴動事件，九巴以缺乏人手為由於同年6月25日起暫停22線之服務，直至同年7月7日起恢復服務，惟九龍總站縮短至彩虹。1973年7月16日起配合九巴路線大規模重整，路線編號改為92。1994年10月17日起增設空調巴士服務，1997年11月2日起九龍總站延長至鑽石山站，以配合鑽石山站公共運輸交匯處啟用。2002年9月16日起提升為全空調服務，並降低全程收費，亦象徵每天行經清水灣道的西貢區路線已轉為全空調服務。
92線為西貢早期唯一往返九龍市區的路線，因此需求甚高，客量亦十分不俗，但隨著同樣往返九龍市區的紅綠小巴線相繼投入服務，小巴公司以車海戰術搶走大量客源，以致客量不斷下跌，然而於假日有不少市民及遊客前往西貢觀光及郊遊，因此於該日子的客量會急劇倍增﹐九巴更不時派出12米巴士疏導客量，惟受到清水灣道近德望中學一段路面限制，該等班次在往鑽石山站方向時，改經新清水灣道而不經該段清水灣道，其後該等班次於2016年5月22日起正式提升為常規特快班次，提供雙向服務，沿途只停少數車站，往九龍方向以彩虹站為總站而不前往鑽石山站，並全以12米巴士行走，於電子顯示牌亦加上「特快」以示識別，然而該等班次卻在沒有通知下再沒有提供服務，直至2024年8月3日起以試辦形式再次提供星期六及假日雙向特快班次服務，試辦期至2026年9月27日為止。
西貢一直被稱為「香港後花園」，每逢假日有不少市民專程前往，惟一直以來，該區前往九龍市區的巴士服務只以鑽石山站為總站，前往九龍其他地方(如紅磡及尖沙咀)需要轉車(往來旺角則有紅色公共小巴提供服務)，而尖沙咀海傍一帶及尖沙咀碼頭為香港欣賞維多利亞港夜景重點景點之一，晚上遊人不少，但由西貢市中心一直未有任何直達的公共交通服務前往。
有見及此，九巴於2019年的巴士路線計劃中，建議於假日黃昏時段，增闢一條由西貢直達尖沙咀碼頭的巴士服務，編號為92R，依92線特快班次至彩虹站後，然後再經太子道東、馬頭涌道、馬頭圍道、漆咸道北、康莊道及梳士巴利道前往尖沙咀碼頭，其後建議經西貢區議會通過後，於同年8月11日起投入服務，為該年度巴士路線計劃中，首條獲落實開辦的全新路線，方便於西貢郊遊的市民以特快途徑前往尖沙咀區，路線正式投入服務時，於西貢公路及清水灣道只作有限停站，於九龍市區中途只停靠彩虹站、譽‧港灣、港鐵紅磡站(近紅隧轉車站)、永安廣場及尖東站巴士站。
2020年香港受到新冠肺炎疫情影響，令到大量市民無法外遊，因而改為前往郊區消閒，猶其是往來西貢郊區之人流較多，因此於同年2月29日起增設星期六服務，隨後於2021年4月2日起延長服務時間至星期六及假日下午至黃昏提供服務，在同年的巴士路線計劃內，九巴及運輸署建議增設三班假日由尖沙咀碼頭開往西貢的服務，途經尖沙咀東(漆咸道南)、紅磡(山谷道)、東九龍走廊、九龍城、新蒲崗(譽‧港灣及彩頤花園)及彩虹站，然後以特快途徑直達西貢，中途只停靠井欄樹、匡湖居及白沙灣，進一步方便九龍市區居民於假日有直達交通往返西貢郊遊，建議其後獲西貢區議會通過後，於同年9月5日起實施，而建議正式落實時，開車時間修改為0900、1000及1100，有異於原建議的1100、1200及1300。
94線於1978年4月3日起投入服務，來往黃石碼頭至西貢，途經北潭涌及大網仔。1994年5月16日起增設平日空調巴士服務，2003年5月17日起提升為全空調服務。
94線沿線之服務範圍為鄉村地區，人口密度極低，因此平日客量較少，但每逢假日有大量市民及遊客前往西貢郊野公園郊遊，故此於該日子之客量會大幅增加，更需加開班次疏導人流。
值得一提，撇除南大嶼山的巴士服務，94線為全港唯一沿途沒有途經任何燈號控制路口的專營巴士路線，但直到假日路線99R於2013年12月25日起投入服務，才打破局面，惟該線於2014年11月19日起來回程改經馬鞍山市中心後，使94線再次獨享這項紀錄。除此之外，94線自投入服務以來，一值與99線共用車隊，實行互跳車務安排，巴士梅花間竹地行駛兩線，其中一條路線之巴士返回西貢後﹐隨即轉往另一條路線繼續服務，這項安排直至99線於2004年12月18日起延長總站至烏溪沙站為止。
96R線於1990年8月5日起投入服務，當時來往彩虹至黃石碼頭，途經彩雲、清水灣道、西貢、大網仔及北潭涌，只於星期日及公眾假期行走，以取代同日起停辦的93R及95R線，1996年9月8日起增設空調巴士服務。1997年11月2日起九龍總站延長至鑽石山站，以配合鑽石山站公共運輸交匯處啟用。2003年5月18日起提升為全空調服務，並降低全程及分段收費，同時亦象徵著西貢郊區所有專營巴士路線已轉為全空調服務。
96R線主要方便市民及遊客直達西貢郊區，而毋需於西貢市中心轉車，因此投入服務以來，客量一直相當不俗，惟因收費較為昂貴，所以有部份「一定要搭平車」的乘客會選乘92線前往西貢碼頭，然後再轉乘94線前西貢郊遊地點。
96R線投入服務初期，往黃石碼頭方向取道新清水灣道直上清水灣道，其後於2000年3月12日起繞經新利街及利安道，之後於2001年8月26日起更增停利安道順利消防局巴士站。相隔多年後，為節省行車時間，九巴及運輸署於2017年的巴士路線計劃中，建議96R線往黃石碼頭方向不經新利街及利安道，恢復取道新清水灣道直上清水灣道，建議獲得西貢區議會通過後得到落實，並於同年10月8日起實施。
2020年香港受到新冠肺炎疫情影響，令到市民無法外遊，只能改往郊區消閒，猶其是前往西貢一帶郊遊熱點之人流最多，因此96R線於同年2月29日起以試辦形式增設星期六服務，隨後於2022年7月1日起正式永久實行。
值得一提，96R線除了在星期六及假日行走外(農曆年初一及年初二除外)，而每年中秋節晚間亦額外提供服務，而1995年9月9日中秋節當天，更以非空調巴士及空調巴士(當時並未增設空調巴士服務)混合行走一天，因此96R線是九巴唯一於中秋節晚上提供服務的假日路線。
99線於1978年4月3日起投入服務，當時來往西貢至泥涌，途經大網仔及十四鄉，2003年5月17日起提升為全空調服務。
99線沿線所服務的地區為鄉村地帶，人口密度極低，而且班次長期稀疏，因此客量一直維持低水平，其後當走線相近的299線、專綫小巴線807B及807K相繼投入服務，令到客量進一步下跌，惟往泥涌方向收費較便宜，故此仍能吸引到「一定要搭平車」的乘客選乘。
2004年九鐵馬鞍山綫(現港鐵屯馬綫烏溪沙站至大圍站)通車，為方便西貢市中心及西沙路沿線居民接駁鐵路，99線於同年12月18日起總站由泥涌延長至烏溪沙站，並加密班次，與及調高全程收費，客量亦因而有所上升。
鑑於99與299線於西貢至泥涌之間的行車路線完全重叠，同時馬鞍山繞道通車多時，一直未有巴士路線行走該路段，因此於2013年的沙田區巴士路線發展計劃中，九巴與運輸署提出將299線改經馬鞍山繞道，不經恆康街及馬鞍山市中心，使乘客可更便捷地來往沙田市中心及西貢，路線編號亦相應改為299X，至於原有馬鞍山(恆安至烏溪沙一段)的服務，則由99線延長馬鞍山總站至恆安作替代，同時加密班次，與及提早頭車及延長尾車時間至接近午夜，而為照顧原有烏溪沙及十四鄉往返西貢的乘客，特別設有八達通雙向分段收費，定價依原有之全程及分段收費，在同一重組計劃內建議開辦往來大學站至西貢(北)的99R假日旅遊路線，取道馬鞍山繞道往返，以支援99及299X線，其後上述重組計獲得沿線區議會通過，99R率先於2013年12月25日起聖誕節當天起投入服務，而99與299線重組計劃於2014年1月11日起實施。
值得一提，99線自開辦以來，一直與94線共用車隊，實行互跳安排，巴士梅花間足地行走兩線，其中一條路線的巴士駛回西貢後，便隨即轉往另外一條路線繼續服務，若因遇上交通擠塞而影響99線原有班次，西貢總站站長會視乎情況抽調92或299線之車輛行走，因此99線改為全空調服務前，偶爾會有空調巴士行走，但只收取非空調巴士車費，隨著99線於2004年12月18日起總站延長至烏溪沙站，與94線共用車隊的安排亦正式終止。
一直以來，大埔或北區的居民若前往西貢郊區，就必須乘港鐵東鐵綫前往沙田站，然後轉乘299線(已停辦)，惟走線非常迂迴，而且費時失事，因此九巴與運輸署於2013年的沙田區及西貢區巴士路線發展計劃內，建議開辦99R線，來往大學站至西貢北，途經馬鞍山繞道、泥涌、十四鄉、大網仔及西貢碼頭，方便西貢、大埔及北區居民於假日往來港鐵大學站轉乘東鐵線往來兩地，在同一計劃內，建議99及299線重組，前者延長總站至恆安，以取代後者原有恆康街及馬鞍山市中心之服務，後者則來回程改經馬鞍山繞道，並更改編號為299X，上述建議經沿線區議員通過後獲得落實，而99R線率先於2013年12月25日聖誕節當天起投入服務，至於99與299線的重組計劃於2014年1月11日起實施。
99R線投入服務初期，來回程取道全段馬鞍山繞道，成為首條取道該路段的巴士路線，惟因收費以假日旅遊路線級別定價，較日間路線99及299X線昂貴，以致吸引力甚低，因此客量長期處於低水平，故此九巴於2014年4月的「西貢區巴士路線工作小組」會議中，建議優化99R線的服務，來回程改經馬鞍山一段的西沙路，以及加停馬鞍山市中心，不經馬鞍山繞道，並增設分段收費，讓馬鞍山市中心往返西貢及泥涌往大學站的市民有另一個快捷的選擇，改動建議於同年11月9日起實施，奈何馬鞍山市中心一帶已有班次頻密及收費便宜的99線提供相同服務，故此客量仍然偏低。
值得一提，撇除南大嶼山的巴士服務，99R線一度是兩條沒有途經燈號控制路口的專營巴士路線之一(另一條為九巴94線)，直至2014年11月9日起來回程繞經馬鞍山市中心一段西沙路為止。
早於1995年4月9日起，九巴開辦第一代的289R線，於假日來往沙田市中心至北潭涌，行車路線依299線(已停辦)至西沙路後，再沿大網仔路往返北潭涌，惟因班次疏落，而且未有深入黃石碼頭一帶，以致客量長期甚低，最終於2000年12月10日起停辦，往後十多年，沙田及馬鞍山居民需在西貢市中心或麥邊迴旋處轉車才能前往北潭涌，然而每逢假日，299線(現299X線)或前往西貢郊區的94及96R線經常滿座，對於沙田及馬鞍山居民十分不便。
有見及此，九巴於2018年的巴士路線計劃中，建議開辦假日路線，由黃石碼頭開出，途經北潭路、大網仔路及西沙路(黃竹灣及十四鄉)，然後駛經馬鞍山繞道及大老山公路特快前往沙田市中心，路線編號為289R(第二代)，只於假日下午提供單向服務，原建議於2019年第二季投入服務，經多個區議會討論後，九巴及運輸署修訂建議，提早於同年3月24起投入服務，以配合同年4月舉行的十年一度《第二十二屆塔門聯鄉太平清醮》(醮期為4月23至28日)帶來的額外人流，並方便於假日於黃石碼頭/北潭涌郊遊的乘客以特快途經前往沙田，中途毋需在西貢市中心轉乘。
2020年香港受到新冠肺炎疫情影響，令到市民無法外出旅遊，只能改往郊區消閒，猶其是往來西貢一帶郊遊熱點的人流最多，因此289R線於同年2月29日起增設星期六服務，其後於2021年2月12日起更首次增設早上至中午由沙田市中心開往黃石碼頭之服務，沙田至石門交匯處之走線與299X線相同，然後大老山公路及馬鞍山繞道直達西沙路，之後駛至麥邊迴旋處後，依94線相同行車路線駛往黃石碼頭，以方便前往西貢一帶郊野公園的新界東居民，及後因乘客反應熱烈，該項安排於同年2月20日起正式常規化，提供星期六及假日早上至中午往黃石碼頭方向的服務，一星期後(2月27日)，289R線更擴展服務時間，延長沙田市中心開出尾車至下午1500，以及提早黃石碼頭頭車至早上0910。
值得一提，289R線是首條採用12米巴士駛經北潭路的九巴路線，也是現時僅有兩條來回程均駛經全段馬鞍山繞道的九巴路線之一(另一條為299X線)。
299X線前身為1990年6月16日起投入服務的299線(已停辦)，來往西貢至沙田市中心，途經大網仔、十四鄉、泥涌、烏溪沙、恆安總站、濱景花園及富豪花園，當時只於早上至傍晚提供服務，同年11月27日起因應289線停辦，延長服務時間。1991年5月31日起來回程改經亞公角街，不經恆泰路及恆泰路/恆德街以南的馬鞍山路。1993年1月28日起配合西沙路(馬鞍山市中心一段)通車，改經該路及不再繞經恆安總站。
299線自投入服務以來，一直為西貢市中心往來沙田及馬鞍山的主要路線，同時也惠及新界東及北區居民，不用長途跋涉到彩虹轉車前往西貢，因此無論平日或假日客量都相當不俗，猶其是假日前往西貢郊遊及觀光之人流眾多，乘客會更加倍增，惟走線由沙田市中心開出，需途經馬鞍山市中心，才直達西貢市中心，令到行車時間頗長。
2004年馬鞍山繞道通車，使車輛可直接由馬鞍山路往來西沙路，無須繞經馬鞍山市中心，惟該幹道一直未有巴士路線行經，直到九巴與運輸署於2013年的《2013-2014年度沙田區巴士路線發展計劃》中，提出將299線改經馬鞍山繞道，不經恆康街及馬鞍山市中心，使乘客可更快捷地來往沙田市中心及西貢，路線編號亦相應改為299X，而原有恆康街及馬鞍山市中心之服務，由99線延長馬鞍山總站至恆安作替代，同時加密班次，與及提早頭車及延長尾車時間至接近午夜，於同一重組計劃內，建議開辦往來大學站至西貢(北)的假日旅遊路線99R，以支援本299X線及99線，其後建議經沙田及西貢區議會通過後，99R線率先於2013年12月25日聖誕節當天起投入服務，而99及299線的重組計劃則於2014年1月11日起實施，在實施改動時，因應福民路一帶交通擠塞的問題，在改動當日取道惠民路往返西貢總站，不再停靠大網仔路(沙角尾及木棉山)及福民路西貢警署巴士站，成為西貢郊區及十四鄉首條特快巴士路線。
因應西貢沙角尾一帶居民及地區人士要求，九巴於2014年4月「西貢區巴士路線工作小組」會議中，建議299X線增設99線的八達通轉乘優惠，並安排星期一至五早上由西貢開出的部份班次，改經沙角尾一段的大網仔道，方便沙角尾、木棉山一帶村民於早上可以一程直達沙田區，改動建議最終於2014年11月8日起實施，2026年6月22日起往西貢方向增停馬鞍山路「錦駿苑」站。
值得一提，299X線是九巴所有X字尾的常規非過海特快路線中，路線編號最大的一條，亦一度為全港唯一一條不駛入香港主要幹線公路的特快路線，直至289R線於2021年2月12日起增設沙田市中心開往黃石碼頭的服務為止。此外，因西沙路(泥涌至麥邊迴旋處一段)路狹多彎，故此299X線投入服務以來一直派出11.3米或以下巴士行走，直至2016年，九巴為299X線改派12米車輛進行評估及試車，結果試車順利，並隨即於同年11月27日下午開始派出12米巴士行走，成為首條派出12米巴士行走西沙路(泥涌至麥邊迴旋處一段)的巴士路線，亦為西貢市首條有12米車輛上掛的九巴路線，其後於2017年3月至4月，分批換入7輛12米巴士，至此全線改派12米巴士行走，成為繼新巴792M線後，西貢市第二條以12米巴士為主力的專營巴士路線。
