54線前身為1933年6月10日開辦的第一代15線，當時來往元朗至錦田，途經凹頭，1941年12月10日起因日軍佔領香港而停駛。1948年1月1日起恢復服務，同時總站由錦田延長至橫台山，並改更編號為19(第一代)。1954年6月1日起總站由元朗延長至青山，1958年8月16日起總站由橫台山延長至上村，並調高全程收費。1962年1月12日起青山總站延長至青山灣，1967年7月25日起總站由青山灣大幅縮短至元朗，1968年1月起更改編號為18A(第二代)。1973年7月16日起配合九巴路線大規模重整，路線編號改為54，1979年11月1日起元朗總站遷往元朗(西)。
54線投入服務時，為鄉村人口充裕的年代，主要方便沿線村民往返元朗墟購物，以及擺買農作物，因此客量相當不俗，但當元朗墟於1980年代初發展成新市鎮，令到部份鄉村村民搬遷至市區，以致鄉村人口大幅下降，而且受到服務範圍相近的64K及77K線，與及公共紅色小巴競爭，導致54線客量不斷下跌，班次亦被削減，2001年2月18日起提升為全空調服務。2003年12月14日起繞經錦上路站，以配合九廣西鐵(現港鐵屯馬綫屯門站至南昌站)通車，方便上村、八鄉及錦田居民接駁鐵路，惟沿線已有多條巴士及專綫小巴線提供相類型服務，以致鐵路接駁作用需求極低，客量亦未有所上升。
為配合九巴重組部份錦田、八鄉及上村的巴士路線服務，以及騰出上村總站予縮短後的251M線遷入，54線於2012年3月31日起改為循環線運作，以「八鄉古廟」站為循環點，不入上村總站，並提供與同日起投入服務的251A線的轉乘優惠，以替代251M線往來錦田公路至錦上路的服務，但因應八鄉居民要求，於同年4月22日起恢復繞經上村總站。2013年8月24日起因應北區區域性巴士路線重組實施，77K線遷移元朗總站至元朗(鳳翔路)，不再服務鳳翔路以西的元朗市中心地區，部份原有該線的乘客改乘54線往返八鄉至元朗，客量因而再度上升。
值得一提，1988年9月18日起輕鐵正式投入服務，一週後實施輕鐵專區，所有屯門及元朗區內巴士線改由輕鐵及其接駁巴士取代，雖然錦田及八鄉一帶屬元朗區範圍，惟遠離元朗市中心，所以該地區並未劃入輕鐵專區，因此54線成為輕鐵專區實施後，唯一仍然由九巴營運的元朗區內路線，直至第二代B1線於2007年8月15日起投入服務，才結束這個局面。
鑑於在元朗朗邊中轉房屋原址興建的朗天苑於2026年第一季落成，運輸署於2024年的巴士路線計劃中，建議開辦兩條全新路線服務該屋苑，分別往來屯門公路轉車站(經屯門市中心，另有繞經唐人新村及洪水橋的支線)及西九龍站(途經凹頭、高埔、大欖隧道、美孚、長沙灣、深水埗、旺角及油麻地)，並以公開招標決定營辦巴士公司，建議獲得元朗區議會通過，隨後兩條全新路線由九巴投得，其中往來屯門公路轉車站的路線，編號定為63，隨著朗天苑於2026年4月正式入伙，63線於同年4月13日起投入服務，提供每天全日服務，同時每日早晚繁忙時間，各設有一班繞經唐人新村及洪水橋的單向特別班次。
63線為首條服務唐人新村範圍的專營巴士服務，方便朗天苑及屏山、洪水橋居民以特快途徑往返屯門市中心一帶，及於屯門公路轉車站轉乘九巴其他路線往返市區，惟於屯門區只停屯門市中心及屯門公路轉車站，而且班次疏落，因此客量甚低。
值得一提，63線投入服務後，成為自輕鐵專區於1993年6月1日起取消後，與及輕鐵專區法例有關專營巴士不能開辦區內服務的限制於2006年10月31日屆滿後，首條往返元朗區至屯門區，而且服務範圍完全屬前輕鐵專區範圍內的巴士路線，也是首條接駁屯門公路轉車站及參與相關轉乘計劃的元朗至屯門跨區巴士路線。
在2016年的元朗區巴士路線計劃中，九巴及運輸署建議提升68F線的服務(當時總站為元朗公園)，循環點由凹頭延長至沙埔村(峻巒)，以配合位於凹頭的公共屋邨朗善邨及位於沙埔村的私人屋苑「峻巒 Park YOHO」於同年第四季落成入伙，為元朗南、十八鄉、凹頭及沙埔村一帶居民提供全日港鐵接駁服務，並於同年11月1日實施，惟當時十八鄉路沿線發展仍未成熟，加上不少屋苑均自設來往元朗市中心的居民巴士服務，不利68F線的客量，因此在元朗站至十八鄉路沿線經常出現「吉車遊街」的情況，但事實上，自68F線延長至峻巒後，客源以峻巒居民往返元朗站轉乘鐵路為主，故在該路段的客量仍不俗。
為改善68F線於十八鄉一帶客量長期偏低的狀況，運輸署曾削減多條十八鄉路沿線屋苑居民巴士在下午部份時段的班次，以及拒絕該等居民巴士服務的新申請，然而署方在批核各屋苑居民巴士服務申請時之尺度不一，令該區反對聲音不絕，甚至訴諸申訴專員公署，終令署方劃一審批標準，批准該兩個屋苑(譽88及溱柏)的居民巴士服務的新申請，而署方亦表明會在批准有關居民巴士服務後著手調整68E及68F線的服務。
鑑於居民巴士與68F線於十八鄉路的服務範圍極之接近，而收費亦較為便宜，導致68F線在十八鄉的客源進一步下挫，同時因應私人屋苑「峻巒」陸續有居民遷入，往返該處至元朗站的需求正在上升，因此運輸署與九巴於2018年3月向元朗區議會提交文件，建議削減68F線班次，並增設循環往來峻巒至元朗站之短程特別班次，與常規班次於峻巒提供15分鐘一班聯合班次，有關建議除了可以令峻巒附近的居民可享用更頻繁的服務往返元朗站之外，亦有助減少68F線在十八鄉路一帶的公共交通服務重疊的情況，建議經元朗區議會商討後，循環往返峻巒至元朗站的短程特別班次，獲獨立編號為68(第二代)，優化建議最終於同年11月19日起實施，68F線則於同日起總站及循環點對調，以及調整班次。
68線主要提供峻巒居民，以及沙埔村及凹頭沿線鄉村村民往來元朗站轉乘港鐵或其他巴士路線，惟因服務範圍人口密度較低，而且居民大多為有車階級，加上班次並不頻密，因此整體客量只屬一般。
值得一提，峻巒交通總匯總站範圍連同屋苑內的通道，皆屬於新鴻基地產擁有，出入口以及沿途有保安負責指揮交通並引導巴士進入總站。
68F線於2015年11月30日起以試辦形式投入服務，當時由元朗公園開往凹頭，途經十八鄉及元朗(東)，只於星期一至五早上繁忙時間開出兩班車，主要方便元朗南一帶豪宅區居民前往元朗站接駁港鐵屯馬綫或其他巴士路線，惟因初時服務時間有限，而且沿線居民大多數為有車階級，較少乘搭公共交通工具，以致客量一直偏低。
運輸署與九巴於2016年3月10日元朗區議會會議上，建議68F線提升至每天全日服務，並於10:00以後的班次改以循環線運作，往凹頭方向繞經博愛醫院及來回程均繞經元朗站，以及所有班次來回程加停鳳翔路，為元朗南居民提供全日區內港鐵接駁服務，最終相關建議得到落實，於同年5月14日起實施，提供元朗南全日接駁港鐵西鐵線(現屯馬線)及往來博愛醫院的公共交通服務，提升服務後首年更提供優惠票價及即日回程優惠。
在2016年的元朗區巴士路線計劃中，九巴及運輸署建議進一步提升68F線的服務，循環點由凹頭延長至沙埔村(峻巒)，以配合位於凹頭的公共屋邨朗善邨及位於沙埔村的私人屋苑「峻巒 Park YOHO」首期於同年第四季落成入伙，為元朗南、十八鄉、凹頭及沙埔村一帶居民往來元朗站接駁港鐵屯馬綫，由於朗善邨和峻巒在68F線提升服務時間時尚未入伙，故此計劃延遲至同年11月1日起實施，同時原有早上班次以單向運作的安排則予以取消，所有班次繞經博愛醫院及行走全程循環線。不過，由於十八鄉路沿線發展仍未成熟，而且不少屋苑設有居民巴士往來元朗市，故此除繁忙時間外，其餘時間客量甚低，猶其元朗市至十八鄉路沿線經常出現「吉車遊街」之情況，但事實上，68F線客源以峻巒居民往返元朗站轉乘鐵路為主，故在該路段的客量仍不俗。
為改善68F線於十八鄉一帶長期客量偏低的情況，運輸署曾削減多條服務範圍相近的居民巴士線下午部份班次及拒絕該等居民巴士服務新申請，然而署方在批核各屋苑居民巴士服務申請時之尺度不一，令該區反對聲音不絕，終使署方劃一審批標準，批准兩個屋苑(譽88及溱柏)的居民巴士服務的新申請，而署方亦表明會在批准有關居民巴士服務後著手調整68F與68E線的服務。
鑑於居民巴士與68F線於十八鄉路的服務範圍極之接近，收費亦較為便宜，導致68F線在十八鄉的客源進一步下挫，同時因應私人屋苑「峻巒」陸續有居民遷入，使往返該處至元朗站的需求正在上升，因此運輸署與九巴於2018年3月向元朗區議會提交文件，建議削減68F線班次，並增設循環往返峻巒至元朗站的短程特別班次，與常規班次於峻巒提供15分鐘一班聯合班次，有關建議除了可以令峻巒附近的居民可享用更頻繁的服務往返元朗站之外，亦有助減少68F線在十八鄉路一帶的公共交通服務重疊的情況，建議經元朗區議會商討後，循環往返峻巒至元朗站的短程特別班次，獲獨立編號為68(第二代)，優化建議最終於2018年11月19日起實施，68線於同日起投入服務，68F線則於同日起總站及循環點對調，以及調整班次。
68F線自延長至峻巒後，為了方便該屋苑居民於港鐵元朗站接駁港鐵屯馬綫及輕鐵，來回程均途經朗日路(形點II)及朗樂路，為減少走線迂迴及節省行車時間，運輸署與九巴於2022年的巴士路線計劃內，建議往元朗公園方向駛至青山公路(西行)近形點I後，直接左轉鳳翔路返回原有路線，不經朗日路及朗樂路，以提供更快捷的巴士服務前往鳳翔路、十八鄉路及元朗公園一帶屋苑，建議獲元朗區議會通過後，於同年12月19日起實施。
值得一提，68F線為輕鐵專區的區外路線上落限制於1993年6月1日起撤消後，以及輕鐵專區法例有關專營巴士不能開辦區內服務限制於2006年10月31日起屆滿後，九巴首條開辦總站及目的地均位於原有輕鐵專區範圍的路線。此外，峻巒交通總匯總站範圍連同屋苑內的通道，皆屬於新鴻基地產擁有，出入口以及沿途有保安負責指揮交通並引導巴士進入總站。
在2021年的巴士路線計劃中，運輸署因應元朗東頭工業區一帶人口增長，以及配合天水圍北濕地公園路兩個私人屋苑Wetland Seasons Park及Wetland Seasons Bay落成入伙，建議增闢一條循環來往天水圍(濕地公園路)至元朗(德業街)的新路線，中途僅於朗屏站和朗屏邨一帶設中途站，回程另繞經天逸邨，取道天慈路及朗天路往返，並以公開招標形式決定營辦商，建議獲元朗區議會通過。
運輸署於2022年6月表示，由於截標時只得城巴入標競投，故此由城巴獲得經營權，惟該公司以疫情嚴重及欠缺需求為由而放棄營辦。與此同時，位於東頭工業區山貝路的過渡性房屋項目「同心村」即將落成，同時濕地公園路兩個私人屋Wetland Seasons Park及Wetland Seasons Bay亦相繼入伙，卻因城巴「棄標」導致沿線居民出入不便，區內通勤交通急需解決，經當區立法會議員及地區人士爭取後，運輸署於同年7月18日決定將來往天水圍(濕地公園路)至元朗(德業街)的新路線重新招標，新方案摒棄原建議的循環運作，改為天水圍市中心至元朗(德業街)的兩邊總站，來回程繞經元朗市中心，不經原建議的流業街，修訂後的方案，同樣以公開招標決定營辦巴士公司，其後該路線由九巴投得，編號定為69(第二代)，最終於同年12月18日起投入服務，並提供40條九巴元朗區區內/對外巴士路線及龍運機場/北大嶼山路線，以及新界專線小巴622線(已停辦)(由九巴母公司「載通集團」旗下的專綫小巴營辦商「權君有限公司」營辦)的轉乘優惠，方便沿線居民透過轉乘接駁往返洪水橋、錦田、荃葵青、大埔、沙田、北區、港九市區、落馬洲站/福田口岸、香園圍/蓮塘口岸、東涌、港珠澳大橋香港口岸及機場等地區。
69線主要方便天水圍市中心、天水圍北、同心村及東頭工業區多個屋苑居民直達元朗市中心，以及於朗屏站轉乘港鐵屯馬線或於元朗大馬路轉乘多條九巴路線或其他交通工具往返各區，毋需乘搭需要中途轉車的輕鐵，而69線由天水圍北往返元朗市中心，停靠濕地公園路後，取道天慈路特快往來，相比需取道天秀路、嘉湖北、天慈及朗屏才抵達元朗市中心的港鐵K73線，69線明顯較直接，又可接駁九巴元朗區巴士路線網絡，故此有力與港鐵K73線互相競爭。
鑑於69線自投入服務以來，除了平日早上繁忙時間外，其餘時間客量甚低，加上未能深入元朗大馬路核心路段。為善用資源，加上天水圍、元朗同心村居民及地區人士要求69線深入元朗大馬路一帶，故此運輸署與九巴於2025年的巴士路線計劃中，建議69線來回程改經擊壤路以東一段的青山公路(元朗大馬路)，方便兩地居民可深入元朗大馬路一帶的街市(大橋街市及同益街市)、商場及店舖，建議經元朗區議會通過後得以落實，於同年8月11日起實施。2026年6月8日起往天水圍市中心方向，改經朗日路(形點II)駛入朗樂路，以便12米或以上巴士行走。
值得一提，69線為九巴首條，以及唯一一條往返天水圍至元朗的區內路線，其後於2024年7月4日起全線由女車長駕駛(車務調動除外)，因此69線成為九巴，以至全港唯一全以女車長駕駛的專營路線。此外，69線亦是繼第二代61A(已停辦)及252線後，第三條兩邊總站均在前輕鐵專區的巴士路線，也是繼龍運E36A線後，東頭工業區第二條全日服務的專營巴士路線。
早期，251M線為八鄉及上村唯一接駁大欖隧道轉車站的路線，惟該線於2003年12月14日起配合九廣西鐵(現港鐵屯馬綫屯門站至南昌站)即將通車，改為來往錦上路站至青衣站後，自此變成來回程都要繞經錦田公路才能抵達大欖隧道轉車站，對該帶居民而言是增加行車時間，令部份客量流失至九廣西鐵。
有見及此，九巴於2009年的元朗區巴士路線發展計劃中，建議停辦251M線，改為開辦兩條循環線251A(錦上路站至上村)及251B(八鄉路至錦田)線，分別以順逆時針方向繞經錦田、八鄉、上村及錦上路，後經諮詢沿線各區議會後，於翌年的元朗區巴士路線發展計劃中，原有的計劃被修改，251M線獲得保留，但縮短總站至上村，而251A線則定為循環往來錦上站至大欖隧道轉車站的接駁服務，取代251M線於上村的服務，至於251B線則擱置開辦(直至2014年10月4日起才投入服務)，經元朗區議會通過後，於2012年3月31日起實施有關改動，251M線總站遷往上村，不經錦上路，至於往來大欖隧道轉車站的服務，則由同日起投入服務的251A線取代。
由於251A線大部份客源是往來大欖隧道轉車站的乘客，惟來回程需繞經石湖塘一段的錦上路、東匯路(錦上路站)及錦河路(港鐵八鄉車廠)，未能為錦上路一帶的居民提供便捷的九巴大欖隧道路線及港鐵屯馬綫接駁服務，猶其早上繁忙時間時段，錦上路西段更經常出現登車困難之情況，因此運輸署與九巴於2014年的元朗區區域性巴士路線重組(2014年的元朗區巴士路線發展計劃)內，建議251A線總站改在錦上路站，在駛經錦上路西段(東匯路至元崗村)後繞經八鄉路及大欖隧道轉車站，然後沿八鄉路返回錦上路東段(元崗村至上村)原有路線，建議獲得元朗區議會通過後，於同年10月4日起實施，並修改為定點班次開出，為錦上路沿線居民提供更快捷往返大欖隧道轉車站的服務，2026年6月21日起錦上路站總站遷往柏瓏下方之錦上站公共運輸交匯處。
值得一提，251A線為首條參與大欖隧道八達通轉乘優惠，但不在大欖隧道設站的路線，亦曾為九巴全日日間路線中，最遲開出尾班車，以及服務時間最長的九巴路線，這項紀錄直至2016年6月4日起，被當日投入服務的新線213M打破。
自251M線於2003年12月14日起配合九廣西鐵(現港鐵屯馬綫屯門站至南昌站)即將通車，改為來往錦上路站至青衣站後，自此變成來回程都要繞經錦田公路才能抵達大欖隧道轉車站，對該帶居民而言是增加行車時間，令部份客量流失至九廣西鐵。
有見及此，九巴於2009年的元朗區巴士路線發展計劃中，建議停辦251M線，改為開辦兩條循環線251A(錦上路站至上村)及251B(八鄉路至錦田)線，分別以順逆時針方向繞經錦田、八鄉、上村及錦上路，後經諮詢沿線各區議會後，於翌年的元朗區巴士路線發展計劃中，原有的計劃被修改，251M線獲得保留，但縮短總站至上村，而251A線則定為循環往來錦上站至大欖隧道轉車站的接駁服務，取代251M線於上村的服務，至於251B線則擱置開辦，而上述改動亦於2012年3月31日起實施有關改動。
相隔數年，鑑於251M線客量持續偏低及班次疏落，對錦田公路沿線欠缺吸引力，故此開辦251B線之計劃再次於2014年的元朗區區域性巴士路線重組(2014年的元朗區巴士路線發展計劃)中提出，是次的建議改為循環來往八鄉路(大欖隧道轉車站)至上村，取道錦河路及錦田公路往返，同時251M線則縮減為只於星期一至五早上提供三班單向開往荃灣站的服務，建議最終獲元朗區議會通過，於同年10月4日起實施有關改動，251B線於當日起投入服務，來回程並停靠錦上路站﹐取代251M線於其服務時間以外的服務，以及縮短路線後的51線原有往來上村至錦上路站路段的服務。
251B線提供錦田、八鄉及上村沿線村民以快捷途徑往來大欖隧道轉車站轉乘其他路線前往各區，故此於繁忙時間客量非常不俗，其餘時間客量只屬一般。
香港政府於2020年推出「支援非政府機構過渡性房屋項目的資助計劃」，恆基兆業地產有限公司以象徵式一元租金，借出一幅位於元朗江夏圍的土地，為期七年，用作興建過渡性房屋，該項目名為「博愛江夏圍村」。
為配合博愛江夏圍村入伙，使該處人口有所增長，運輸署與九巴於2021年的巴士路線計劃中，建議251A線增設繁忙時間特別班次往返博愛江夏圍村至錦上路站及八鄉路(大欖隧道轉車站)，於星期一至五早晚繁忙時間各提供兩班單向服務，方便居民接駁港鐵或於大欖隧道轉車站轉乘其他路線，建議獲元朗區議會通過，由於與251A線常規班次走線有所不同，因此獲路線編號為251C，於2022年6月13日起投入服務。
隨著博愛江夏圍村全面入伙，同時有鄰近的村民投訴無論任何時候，於江夏圍村對出的「八鄉新馬路」巴士站經常出現登車困難之情況，因此有當區區議員提出251C線提升至全日服務，最終在運輸署及九巴協調下，251C線獲提升至每天全日服務，並擴展為循環來往江夏圍至元朗(西)，不經錦河路及八鄉路(大欖隧道轉車站)，同時提高全程票價，而江夏圍往返大欖隧道轉車站之服務，則由錦上路「八鄉新馬路」巴士站提供的251A線替代，最終該項改動於2023年9月30日起實施，方便江夏圍村及錦上路站上蓋私人屋苑「柏瓏」居民更方便往返元朗市中心一帶。
行政長官於2022年發展的《施政報告》中，提出興建約30000個「簡約公屋」單位，而首兩批「簡約公屋」項目分別位於元朗修壆路及牛頭角彩興路。
為配合元朗修壆路的「簡約公屋」落成，運輸署與九巴於2024年的巴士路線計劃中，建議開辦兩條巴士路線服務該區，其中一條為268線，來往修壆路簡約公屋至八鄉路(大欖隧道轉車站)，途經壆圍、沙埔村、爾巒、高埔村及錦上路站，方便沿線居民往返錦上路站接駁港鐵，或於大欖隧道轉車站轉乘其他巴士路線，建議獲元朗區議會通過後，於2025年3月28日起投入服務，同年4月25日延長服務時間至深夜，同年5月6日因應攸壆路簡約公屋(北)正式入伙，來回程繞經該處。
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